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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z0v | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the Chikungunya virus nsP1 complex | ||||||
要素 | Polyprotein P1234 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Capping enzyme / monotopic membrane complex / membrane bending / membrane pore / replication complex / scaffold / Spherule formation / viral factory. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity ...host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / cysteine-type peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / GTP binding / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Reguera, J. / Jones, R. / Arranz-Avila, R. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Capping pores of alphavirus nsP1 gate membranous viral replication factories. 著者: Rhian Jones / Gabriel Bragagnolo / Rocío Arranz / Juan Reguera / 要旨: Positive-sense single-stranded RNA viruses, such as coronaviruses, flaviviruses and alphaviruses, carry out transcription and replication inside virus-induced membranous organelles within host cells. ...Positive-sense single-stranded RNA viruses, such as coronaviruses, flaviviruses and alphaviruses, carry out transcription and replication inside virus-induced membranous organelles within host cells. The remodelling of the host-cell membranes for the formation of these organelles is coupled to the membrane association of viral replication complexes and to RNA synthesis. These viral niches allow for the concentration of metabolites and proteins for the synthesis of viral RNA, and prevent the detection of this RNA by the cellular innate immune system. Here we present the cryo-electron microscopy structure of non-structural protein 1 (nsP1) of the alphavirus chikungunya virus, which is responsible for RNA capping and membrane binding of the viral replication machinery. The structure shows the enzyme in its active form, assembled in a monotopic membrane-associated dodecameric ring. The structure reveals the structural basis of the coupling between membrane binding, oligomerization and allosteric activation of the capping enzyme. The stoichiometry-with 12 active sites in a single complex-redefines viral replication complexes as RNA synthesis reactors. The ring shape of the complex implies it has a role in controlling access to the viral organelle and ensuring the exit of properly capped viral RNA. Our results provide high-resolution information about the membrane association of the replication machinery of positive-sense single-stranded RNA viruses, and open up avenues for the further characterization of viral replication on cell membranes and the generation of antiviral agents. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z0v.cif.gz | 949.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z0v.ent.gz | 771.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z0v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6z0v_validation.pdf.gz | 890.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6z0v_full_validation.pdf.gz | 950.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6z0v_validation.xml.gz | 135.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6z0v_validation.cif.gz | 217.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/6z0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/6z0v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53064.031 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: Q8JUX6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, polynucleotide 5'- ...参照: UniProt: Q8JUX6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, polynucleotide 5'-phosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase, polynucleotide adenylyltransferase, RNA-directed RNA polymerase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Chikungunya NsP1 capping pore complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.72 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE-PROPANE 詳細: 3ul of sample was spotted onto the grid and hand blotted prior to plunge freezing. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 38.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5148 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTF was estimated from movie frames aligned without dose-weighting. Per particle CTF correction was also performed with polished particles. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 263415 詳細: Autopicking following generation of templates from 2D class averages | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C12 (12回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94018 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: CC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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