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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yey | ||||||
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タイトル | Xenorhabdus nematophila XptA1 in complex with porcine mucosa heparin | ||||||
要素 | A component of insecticidal toxin complex (Tc) | ||||||
キーワード | TOXIN / complex / glycan | ||||||
機能・相同性 | TcA receptor binding domain / TcA receptor binding domain / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / A component of insecticidal toxin complex (Tc) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xenorhabdus nematophila (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Roderer, D. / Broecker, F. / Sitsel, O. / Kaplonek, P. / Leidreiter, F. / Seeberger, P.H. / Raunser, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Glycan-dependent cell adhesion mechanism of Tc toxins. 著者: Daniel Roderer / Felix Bröcker / Oleg Sitsel / Paulina Kaplonek / Franziska Leidreiter / Peter H Seeberger / Stefan Raunser / 要旨: Toxin complex (Tc) toxins are virulence factors of pathogenic bacteria. Tcs are composed of three subunits: TcA, TcB and TcC. TcA facilitates receptor-toxin interaction and membrane permeation, TcB ...Toxin complex (Tc) toxins are virulence factors of pathogenic bacteria. Tcs are composed of three subunits: TcA, TcB and TcC. TcA facilitates receptor-toxin interaction and membrane permeation, TcB and TcC form a toxin-encapsulating cocoon. While the mechanisms of holotoxin assembly and pore formation have been described, little is known about receptor binding of TcAs. Here, we identify heparins/heparan sulfates and Lewis antigens as receptors for different TcAs from insect and human pathogens. Glycan array screening reveals that all tested TcAs bind negatively charged heparins. Cryo-EM structures of Morganella morganii TcdA4 and Xenorhabdus nematophila XptA1 reveal that heparins/heparan sulfates unexpectedly bind to different regions of the shell domain, including receptor-binding domains. In addition, Photorhabdus luminescens TcdA1 binds to Lewis antigens with micromolar affinity. Here, the glycan interacts with the receptor-binding domain D of the toxin. Our results suggest a glycan dependent association mechanism of Tc toxins on the host cell surface. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yey.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yey.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yey.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yey_validation.pdf.gz | 443.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6yey_full_validation.pdf.gz | 584.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6yey_validation.xml.gz | 238.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yey_validation.cif.gz | 397.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yey | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 287120.781 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenorhabdus nematophila (バクテリア) 遺伝子: xptA, XNC2_2467 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R4FN93 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Xenorhabdus nematophila XptA1 pentamer in complex with porcine mucosa heparin タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 1.4 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Xenorhabdus nematophila (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: 0.10 mg/ml XptA1 were pre-applied on the grid for 30s. Subsequently, the grid was manually blotted and 0.30 mg/ml porcine mucosa heparin was applied and incubated for 4 min. |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 285 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 1855 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 346048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 172596 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 65.8 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6RW8 Accession code: 6RW8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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