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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ybp | |||||||||
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タイトル | Propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA | |||||||||
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![]() | LIGASE / biotin dependent / ATP dependent / propionyl-CoA / heterododecamer / CO2 fixation | |||||||||
機能・相同性 | ![]() propionyl-CoA carboxylase / urea carboxylase activity / propionyl-CoA carboxylase activity / methylcrotonoyl-CoA carboxylase activity / lipid catabolic process / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å | |||||||||
![]() | Schuller, J.M. / Schuller, S.K. / Zarzycki, J. / Scheffen, M. / Marchal, D.M. / Erb, T.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A new-to-nature carboxylation module to improve natural and synthetic CO2 fixation 著者: Scheffen, M. / Marchal, D.G. / Beneyton, T. / Schuller, S.K. / Klose, M. / Diehl, C. / Lehmann, J. / Pfister, P. / Carrillo, M. / He, H. / Aslan, S. / Cortina, N.S. / Claus, P. / ...著者: Scheffen, M. / Marchal, D.G. / Beneyton, T. / Schuller, S.K. / Klose, M. / Diehl, C. / Lehmann, J. / Pfister, P. / Carrillo, M. / He, H. / Aslan, S. / Cortina, N.S. / Claus, P. / Bollschweiler, D. / Baret, J.C. / Schuller, J.M. / Zarzycki, J. / Bar-Even, A. / Erb, T.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 806.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 673.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 125.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 184.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56060.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pccB, MexAM1_META1p0172 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 71986.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pccA, MexAM1_META1p3203 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-COA / #4: 化合物 | ChemComp-BTI / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.74 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77714 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3N6R | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 99.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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