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万見
- PDB-6xqn: Structure of a mitochondrial calcium uniporter holocomplex (MICU1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xqn
タイトルStructure of a mitochondrial calcium uniporter holocomplex (MICU1, MICU2, MCU, EMRE) in low Ca2+
要素
  • Calcium uniporter protein
  • Calcium uptake protein 1, mitochondrial
  • Calcium uptake protein 2, mitochondrial
  • Protein EMRE homolog, mitochondrial-like Protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN/CALCIUM BINDING PROTEIN / ion channel / calcium channel / mitochondrial calcium uniporter / MCU / EMRE / mitochondria / TRANSPORT PROTEIN-CALCIUM BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / uniporter activity / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / mitochondrial calcium ion homeostasis / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration ...negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / uniporter activity / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / mitochondrial calcium ion homeostasis / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / calcium ion sensor activity / calcium ion import / Mitochondrial protein degradation / calcium channel complex / mitochondrial membrane / calcium channel activity / protein homooligomerization / mitochondrial intermembrane space / defense response / mitochondrial inner membrane / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uptake protein 1/2/3 / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uptake protein 1/2/3 / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uniporter protein / Essential MCU regulator, mitochondrial / Calcium uptake protein 2, mitochondrial / Calcium uptake protein 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Long, S.B. / Wang, C. / Baradaran, R. / Jacewicz, A. / Delgado, B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131921 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA008748 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structures reveal gatekeeping of the mitochondrial Ca uniporter by MICU1-MICU2.
著者: Chongyuan Wang / Agata Jacewicz / Bryce D Delgado / Rozbeh Baradaran / Stephen Barstow Long /
要旨: The mitochondrial calcium uniporter is a Ca-gated ion channel complex that controls mitochondrial Ca entry and regulates cell metabolism. MCU and EMRE form the channel while Ca-dependent regulation ...The mitochondrial calcium uniporter is a Ca-gated ion channel complex that controls mitochondrial Ca entry and regulates cell metabolism. MCU and EMRE form the channel while Ca-dependent regulation is conferred by MICU1 and MICU2 through an enigmatic process. We present a cryo-EM structure of an MCU-EMRE-MICU1-MICU2 holocomplex comprising MCU and EMRE subunits from the beetle Tribolium castaneum in complex with a human MICU1-MICU2 heterodimer at 3.3 Å resolution. With analogy to how neuronal channels are blocked by protein toxins, a uniporter interaction domain on MICU1 binds to a channel receptor site comprising MCU and EMRE subunits to inhibit ion flow under resting Ca conditions. A Ca-bound structure of MICU1-MICU2 at 3.1 Å resolution indicates how Ca-dependent changes enable dynamic response to cytosolic Ca signals.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22290
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22290
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Protein EMRE homolog, mitochondrial-like Protein
A: Calcium uniporter protein
B: Calcium uniporter protein
G: Protein EMRE homolog, mitochondrial-like Protein
C: Calcium uniporter protein
H: Protein EMRE homolog, mitochondrial-like Protein
D: Calcium uniporter protein
I: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
J: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,09710
ポリマ－207,0569
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18620 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area69930 Å2

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要素

#1: タンパク質 Protein EMRE homolog, mitochondrial-like Protein / EMRE


分子量: 7372.190 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
遺伝子: TcasGA2_TC012057 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D6X268
#2: タンパク質
Calcium uniporter protein / MCU


分子量: 23634.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
遺伝子: TcasGA2_TC013837 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D6WIX5
#3: タンパク質 Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Atopy-related autoantigen CALC / ara CALC / Calcium-binding atopy-related autoantigen 1 / MICU1


分子量: 45422.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU1, CALC, CBARA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BPX6
#4: タンパク質 Calcium uptake protein 2, mitochondrial / EF-hand domain-containing family member A1 / MICU2


分子量: 44980.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU2, EFHA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IYU8
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Mitochondrial Calcium Uniporter holocomplexCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2EMRECOMPLEX#11RECOMBINANT
3MCUCOMPLEX#21RECOMBINANT
4MICU1-MICU2 heterodimerCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)7070
23Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)7070
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
12Homo sapiens (ヒト)9606Expi293, Invitrogen
23Homo sapiens (ヒト)9606Expi293, Invitrogen
34Homo sapiens (ヒト)9606Expi293, Invitrogen
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMEGTA1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse sample
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 2 second blot, blot force of 0

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 71 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 21115
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1.5CTF補正
7Coot0.8.8モデルフィッティング
9cryoSPARCv2.12.4初期オイラー角割当
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12cryoSPARCv2.12.4分類
13RELION3３次元再構成
14PHENIX1.17.1-3660モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 17440131
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 350160 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 124 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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