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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xmg | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Cas12g ternary complex | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/RNA / CRISPR / HYDROLASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | metagenome (メタゲノム) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, L. / Li, Z. / Zhang, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of the RNA-guided ribonuclease Cas12g. 著者: Zhuang Li / Heng Zhang / Renjian Xiao / Ruijie Han / Leifu Chang / 要旨: Cas12g, the type V-G CRISPR-Cas effector, is an RNA-guided ribonuclease that targets single-stranded RNA substrate. The CRISPR-Cas12g system offers a potential platform for transcriptome engineering ...Cas12g, the type V-G CRISPR-Cas effector, is an RNA-guided ribonuclease that targets single-stranded RNA substrate. The CRISPR-Cas12g system offers a potential platform for transcriptome engineering and diagnostic applications. We determined the structures of Cas12g-guide RNA complexes in the absence and presence of target RNA by cryo-EM to a resolution of 3.1 Å and 4.8 Å, respectively. Cas12g adopts a bilobed structure with miniature REC2 and Nuc domains, whereas the guide RNAs fold into a flipped 'F' shape, which is primarily recognized by the REC lobe. Target RNA and the CRISPR RNA (crRNA) guide form a duplex that inserts into the central cavity between the REC and NUC lobes, inducing conformational changes in both lobes to activate Cas12g. The structural insights would facilitate the development of Cas12g-based applications. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xmg.cif.gz | 203.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xmg.ent.gz | 151.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xmg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xmg_validation.pdf.gz | 743.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xmg_full_validation.pdf.gz | 757.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xmg_validation.xml.gz | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xmg_validation.cif.gz | 40.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/6xmg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/6xmg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89891.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: hot spring metagenome / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 43777.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: hot spring metagenome / 由来: (合成) metagenome (メタゲノム) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 7633.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: hot spring metagenome / 由来: (合成) metagenome (メタゲノム) |
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CRISP-Cas complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: metagenome (メタゲノム) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.35 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.1_3865: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38238 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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