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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xkx | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | R. capsulatus CIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (SC-1A) | |||||||||||||||||||||||||||
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![]() | TRANSLOCASE/Oxidoreductase / cytochrome bc1 / cbb3-COX / Complex III / Complex IV / OXIDOREDUCTASE / TRANSLOCASE-Oxidoreductase complex | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c oxidase / : / respiratory chain complex III / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / : / electron transport coupled proton transport ...cytochrome-c oxidase / : / respiratory chain complex III / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / : / electron transport coupled proton transport / photosynthesis / proton transmembrane transport / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Steimle, S. / Van Eeuwen, T. / Ozturk, Y. / Kim, H.J. / Braitbard, M. / Selamoglu, N. / Garcia, B.A. / Schneidman-Duhovny, D. / Murakami, K. / Daldal, F. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of engineered active bc-cbb type CIIICIV super-complexes and electronic communication between the complexes. 著者: Stefan Steimle / Trevor van Eeuwen / Yavuz Ozturk / Hee Jong Kim / Merav Braitbard / Nur Selamoglu / Benjamin A Garcia / Dina Schneidman-Duhovny / Kenji Murakami / Fevzi Daldal / ![]() ![]() ![]() 要旨: Respiratory electron transport complexes are organized as individual entities or combined as large supercomplexes (SC). Gram-negative bacteria deploy a mitochondrial-like cytochrome (cyt) bc (Complex ...Respiratory electron transport complexes are organized as individual entities or combined as large supercomplexes (SC). Gram-negative bacteria deploy a mitochondrial-like cytochrome (cyt) bc (Complex III, CIII), and may have specific cbb-type cyt c oxidases (Complex IV, CIV) instead of the canonical aa-type CIV. Electron transfer between these complexes is mediated by soluble (c) and membrane-anchored (c) cyts. Here, we report the structure of an engineered bc-cbb type SC (CIIICIV, 5.2 Å resolution) and three conformers of native CIII (3.3 Å resolution). The SC is active in vivo and in vitro, contains all catalytic subunits and cofactors, and two extra transmembrane helices attributed to cyt c and the assembly factor CcoH. The cyt c is integral to SC, its cyt domain is mobile and it conveys electrons to CIV differently than cyt c. The successful production of a native-like functional SC and determination of its structure illustrate the characteristics of membrane-confined and membrane-external respiratory electron transport pathways in Gram-negative bacteria. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 467.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 388.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 111.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 22228MC ![]() 6xi0C ![]() 6xktC ![]() 6xkuC ![]() 6xkvC ![]() 6xkwC ![]() 6xkzC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 35.8 TB Data #1: tripartite SC - dataset 1 [micrographs - multiframe] Data #2: tripartite SC - dataset 2 [micrographs - multiframe] Data #3: tripartite SC - dataset 3 [micrographs - multiframe] Data #4: tripartite SC - dataset 4 [micrographs - multiframe] Data #5: tripartite SC - dataset 5 [micrographs - multiframe] Data #6: tripartite SC - dataset 6 [micrographs - multiframe] Data #7: tripartite SC - dataset 7 [micrographs - multiframe] Data #8: bipartite SC - dataset 1 [micrographs - single frame] Data #9: bipartite SC - dataset 2 [micrographs - multiframe] Data #10: bipartite SC - dataset 3 [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 7分子 ERCPDQp
#1: タンパク質 | 分子量: 20465.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003 / 遺伝子: petA, fbcF, RCAP_rcc02768 / プラスミド: pYO92 発現宿主: ![]() 株 (発現宿主): M7G-CBC1 / 参照: UniProt: D5ANZ2, quinol-cytochrome-c reductase #2: タンパク質 | 分子量: 49386.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003 / 遺伝子: petB, cytB, RCAP_rcc02769 / プラスミド: pYO92 発現宿主: ![]() 株 (発現宿主): M7G-CBC1 / 参照: UniProt: D5ANZ3 #3: タンパク質 | 分子量: 30352.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003 / 遺伝子: petC, RCAP_rcc02770 / プラスミド: pYO92 発現宿主: ![]() 株 (発現宿主): M7G-CBC1 / 参照: UniProt: D5ANZ4 #6: タンパク質 | | 分子量: 50036.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003 / 遺伝子: ccoP, RCAP_rcc01160, cycY, RCAP_rcc02501 / プラスミド: pYO92 発現宿主: ![]() 株 (発現宿主): M7G-CBC1 / 参照: UniProt: D5ARP7, UniProt: Q05389 |
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-Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit ... , 2種, 2分子 no
#4: タンパク質 | 分子量: 58975.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003 / 参照: UniProt: D5ARP4, cytochrome-c oxidase |
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#5: タンパク質 | 分子量: 26998.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003 / 参照: UniProt: D5ARP5, cytochrome-c oxidase |
-非ポリマー , 3種, 14分子 ![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
#7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-HEC / #9: 化合物 | ChemComp-CU / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 560860 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61934 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 184 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6XI0 |