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万見
- EMDB-22228: R. capsulatus CIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22228
タイトルR. capsulatus CIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (SC-1A)
マップデータCIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (SC-1A)
試料
  • 複合体: CIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (SC-1A)
    • 複合体: CIII2
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1
    • 複合体: CIV
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II
      • タンパク質・ペプチド: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP,Cytochrome c-type cyt cy
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: COPPER (II) ION
キーワードcytochrome bc1 / cbb3-COX / Complex III / Complex IV / OXIDOREDUCTASE / TRANSLOCASE-Oxidoreductase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c oxidase / cytochrome-c oxidase / respiratory chain complex III / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / photosynthesis / proton transmembrane transport ...cytochrome-c oxidase / cytochrome-c oxidase / respiratory chain complex III / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / photosynthesis / proton transmembrane transport / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, monohaem subunit/FixO / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal domain superfamily / Cytochrome C oxidase, mono-heme subunit/FixO / N-terminal domain of cytochrome oxidase-cbb3, FixP / Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / : ...Cytochrome c oxidase, monohaem subunit/FixO / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal domain superfamily / Cytochrome C oxidase, mono-heme subunit/FixO / N-terminal domain of cytochrome oxidase-cbb3, FixP / Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / : / Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Cytochrome b / Cytochrome c1 / cytochrome-c oxidase / Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP / Cytochrome c-type cyt cy
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア) / Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Steimle S / Van Eeuwen T
資金援助 米国, イスラエル, 8件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM38237 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-91ER20052 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123233 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008275 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD023592 米国
Israel Science Foundation1466/18 イスラエル
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF)2016070 イスラエル
Israel Ministry of Science and Technology80802 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of engineered active bc-cbb type CIIICIV super-complexes and electronic communication between the complexes.
著者: Stefan Steimle / Trevor van Eeuwen / Yavuz Ozturk / Hee Jong Kim / Merav Braitbard / Nur Selamoglu / Benjamin A Garcia / Dina Schneidman-Duhovny / Kenji Murakami / Fevzi Daldal /
要旨: Respiratory electron transport complexes are organized as individual entities or combined as large supercomplexes (SC). Gram-negative bacteria deploy a mitochondrial-like cytochrome (cyt) bc (Complex ...Respiratory electron transport complexes are organized as individual entities or combined as large supercomplexes (SC). Gram-negative bacteria deploy a mitochondrial-like cytochrome (cyt) bc (Complex III, CIII), and may have specific cbb-type cyt c oxidases (Complex IV, CIV) instead of the canonical aa-type CIV. Electron transfer between these complexes is mediated by soluble (c) and membrane-anchored (c) cyts. Here, we report the structure of an engineered bc-cbb type SC (CIIICIV, 5.2 Å resolution) and three conformers of native CIII (3.3 Å resolution). The SC is active in vivo and in vitro, contains all catalytic subunits and cofactors, and two extra transmembrane helices attributed to cyt c and the assembly factor CcoH. The cyt c is integral to SC, its cyt domain is mobile and it conveys electrons to CIV differently than cyt c. The successful production of a native-like functional SC and determination of its structure illustrate the characteristics of membrane-confined and membrane-external respiratory electron transport pathways in Gram-negative bacteria.
履歴
登録2020年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xkx
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22228.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22228.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (SC-1A)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 240 pix.
= 316.8 Å		1.32 Å/pix.
x 240 pix.
= 316.8 Å		1.32 Å/pix.
x 240 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.020245712 - 0.07263976
平均 (標準偏差)0.00025467935 (±0.0020266462)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 316.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.800316.800316.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0200.0730.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (SC-1A)

全体名称: CIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (SC-1A)
要素
  • 複合体: CIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (SC-1A)
    • 複合体: CIII2
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1
    • 複合体: CIV
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II
      • タンパク質・ペプチド: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP,Cytochrome c-type cyt cy
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: COPPER (II) ION

+
超分子 #1: CIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (SC-1A)

超分子名称: CIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (SC-1A)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
詳細: super-complex assembly with genetic fusion between cyt c1 and CcoP and between CcoP and cyt cy
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)

+
超分子 #2: CIII2

超分子名称: CIII2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: ubiquinol:cytochrome c reductase (cytochrome bc1, CIII2) portion of the super-complex
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)

+
超分子 #3: CIV

超分子名称: CIV / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#6
詳細: cbb3-type cytochrome c oxidase (CIV) portion of the super-complex
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)

+
分子 #1: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア)
株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003
分子量理論値: 20.465109 KDa
組換発現生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
配列文字列: MSHAEDNAGT RRDFLYHATA ATGVVVTGAA VWPLINQMNA SADVKAMASI FVDVSAVEVG TQLTVKWRGK PVFIRRRDEK DIELARSVP LGALRDTSAE NANKPGAEAT DENRTLPAFD GTNTGEWLVM LGVCTHLGCV PMGDKSGDFG GWFCPCHGSH Y DSAGRIRK ...文字列:
MSHAEDNAGT RRDFLYHATA ATGVVVTGAA VWPLINQMNA SADVKAMASI FVDVSAVEVG TQLTVKWRGK PVFIRRRDEK DIELARSVP LGALRDTSAE NANKPGAEAT DENRTLPAFD GTNTGEWLVM LGVCTHLGCV PMGDKSGDFG GWFCPCHGSH Y DSAGRIRK GPAPRNLDIP VAAFVDETTI KLG

UniProtKB: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

+
分子 #2: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア)
株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003
分子量理論値: 49.386469 KDa
組換発現生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
配列文字列: MSGIPHDHYE PKTGIEKWLH DRLPIVGLVY DTIMIPTPKN LNWWWIWGIV LAFTLVLQIV TGIVLAMHYT PHVDLAFASV EHIMRDVNG GWAMRYIHAN GASLFFLAVY IHIFRGLYYG SYKAPREITW IVGMVIYLLM MGTAFMGYVL PWGQMSFWGA T VITGLFGA ...文字列:
MSGIPHDHYE PKTGIEKWLH DRLPIVGLVY DTIMIPTPKN LNWWWIWGIV LAFTLVLQIV TGIVLAMHYT PHVDLAFASV EHIMRDVNG GWAMRYIHAN GASLFFLAVY IHIFRGLYYG SYKAPREITW IVGMVIYLLM MGTAFMGYVL PWGQMSFWGA T VITGLFGA IPGIGPSIQA WLLGGPAVDN ATLNRFFSLH YLLPFVIAAL VAIHIWAFHT TGNNNPTGVE VRRTSKADAE KD TLPFWPY FVIKDLFALA LVLLGFFAVV AYMPNYLGHP DNYVQANPLS TPAHIVPEWY FLPFYAILRA FAADVWVVIL VDG LTFGIV DAKFFGVIAM FGAIAVMALA PWLDTSKVRS GAYRPKFRMW FWFLVLDFVV LTWVGAMPTE YPYDWISLIA STYW FAYFL VILPLLGATE KPEPIPASIE EDFNSHYGNP AE

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #3: Cytochrome c1

分子名称: Cytochrome c1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア)
株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003
分子量理論値: 30.352615 KDa
組換発現生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
配列文字列: MKKLLISAVS ALVLGSGAAF ANSNVPDHAF SFEGIFGKYD QAQLRRGFQV YNEVCSACHG MKFVPIRTLA DDGGPQLDPT FVREYAAGL DTIIDKDSGE ERDRKETDMF PTRVGDGMGP DLSVMAKARA GFSGPAGSGM NQLFKGMGGP EYIYNYVIGF E ENPECAPE ...文字列:
MKKLLISAVS ALVLGSGAAF ANSNVPDHAF SFEGIFGKYD QAQLRRGFQV YNEVCSACHG MKFVPIRTLA DDGGPQLDPT FVREYAAGL DTIIDKDSGE ERDRKETDMF PTRVGDGMGP DLSVMAKARA GFSGPAGSGM NQLFKGMGGP EYIYNYVIGF E ENPECAPE GIDGYYYNKT FQIGGVPDTC KDAAGVKITH GSWARMPPPL VDDQVTYEDG TPATVDQMAQ DVSAFLMWAA EP KLVARKQ MGLVAMVMLG LLSVMLYLTN KRLWAPYKGH KA

UniProtKB: Cytochrome c1

+
分子 #4: Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I

分子名称: Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア)
株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003
分子量理論値: 58.975086 KDa
配列文字列: MWDYVKLVAL GVVVAIAAYA ASQARDLPYM VNMVEVALAA VIAFIWVLRT MGDAKPSKDE YFDGVIRAGV IATTFWGIVG FLVAVIIAF QLAFPALNLE FGNGMLNFGR LRPLHTSAVI FAFGGNALIA SAFYVVQRTS AARLFGGTAL GWFVFWGWQL I IVTAATSY ...文字列:
MWDYVKLVAL GVVVAIAAYA ASQARDLPYM VNMVEVALAA VIAFIWVLRT MGDAKPSKDE YFDGVIRAGV IATTFWGIVG FLVAVIIAF QLAFPALNLE FGNGMLNFGR LRPLHTSAVI FAFGGNALIA SAFYVVQRTS AARLFGGTAL GWFVFWGWQL I IVTAATSY LLGGSQGKEY AELNWHLDIL VAIVWVAYLI AFLGTIFKRK EPHIYVANWF YLSFIVTIAM LHIVNNLAVP VS IFGTKSV QLMAGVQDAM TQWWYGHNAV GFFLTAGFLG MMYYFVPKQA ERPVYSYKLS IVHFWALIFL YIWAGPHHLH YTA LPDWAS TLGMVMSVIL WMPSWGGMIN GLMTLSGAWD KLRTDPVIRM MVVSIGFYGM STFEGPMMSI KAVNSLSHYT DWTI GHVHS GALGWNGMIT FGMLYFLTPR LWGRSGLYSL KLVSWHFWLA TIGIVLYASS MWVSGIMEGL MWREVDAQGF LVNGF ADTV GAKFPMNVVR GVGGVLYLTG GLIMAYNLWA TVAKQPKTAN LAVAVPAE

UniProtKB: cytochrome-c oxidase

+
分子 #5: Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II

分子名称: Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア)
株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003
分子量理論値: 26.99865 KDa
配列文字列: MSIMDKHHVL EKNATLLLIF AFLVVTIGGI VEIAPLFYLE NTIEKVEGMR PYTPLELTGR DIYIREGCYV CHSQMIRPMR DEVERYGHY SLAAESMYDH PFQWGSKRTG PDLARVGGRY SDAWHVEHLS NPQSVVPESV MPSYSYLANV PLDSTWIEDR V STDALVGV ...文字列:
MSIMDKHHVL EKNATLLLIF AFLVVTIGGI VEIAPLFYLE NTIEKVEGMR PYTPLELTGR DIYIREGCYV CHSQMIRPMR DEVERYGHY SLAAESMYDH PFQWGSKRTG PDLARVGGRY SDAWHVEHLS NPQSVVPESV MPSYSYLANV PLDSTWIEDR V STDALVGV PYSAEMIAAA KADFVAQADP NADSATLVAN YGEKVNIRNF DGKPGLTEMD ALVAYLQVLG TMVDFSTFQP VA SR

UniProtKB: Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II

+
分子 #6: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP,Cytochrome c-type cyt cy

分子名称: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP,Cytochrome c-type cyt cy
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア)
株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003
分子量理論値: 50.036148 KDa
組換発現生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
配列文字列: MSKKPTTKKE VQTTGHSWDG IEELNTPLPR WWLWTFYATI VWGVAYSIAM PAWPIFASGA TPGILGSSTR ADVEKDIAKF AEMNKAVED KLVATDLTAI AADPELVTYT RNAGAAVFRT WCAQCHGAGA GGNTGFPSLL DGDWLHGGSI ETIYTNIKHG I RDPLDPDT ...文字列:
MSKKPTTKKE VQTTGHSWDG IEELNTPLPR WWLWTFYATI VWGVAYSIAM PAWPIFASGA TPGILGSSTR ADVEKDIAKF AEMNKAVED KLVATDLTAI AADPELVTYT RNAGAAVFRT WCAQCHGAGA GGNTGFPSLL DGDWLHGGSI ETIYTNIKHG I RDPLDPDT LPVANMPAHL TDELLEPAQI DDVVQYVLKI SGQPADEARA TAGQQVFADN CVSCHGEDAK GMVEMGAPNL TD GIWLYGG DANTITTTIQ LGRGGVMPSW SWAADGAKPR LSEAQIRAVA SYVHSLGGGQ LFATRPATAV AVGADGKALL PSV DEAAMP AKAPAAAAPA AETAEAAAPA EPAAPPPPAY VEVDPATITG DAKAGEEKFN KTCKACHKID GKNAVGPHLN GVIG RATAT VEGFKYSTAM KNHVGNWTPE RLDIYLVSPK AEVPGTKMSF VGLPEAADRA NVIAYLNTLP RDYKDDDDK

UniProtKB: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, Cytochrome c-type cyt cy

+
分子 #7: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #8: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 11 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #9: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 560860
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 61934
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6xi0


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 184 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6xkx:
R. capsulatus CIII2CIV tripartite super-complex, conformation A (SC-1A)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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