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- PDB-6xjx: MCU holocomplex in Low-calcium blocking state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xjx
タイトルMCU holocomplex in Low-calcium blocking state
要素
  • Calcium uniporter protein, mitochondrial
  • Calcium uptake protein 1, mitochondrial
  • Calcium uptake protein 2, mitochondrial
  • Essential MCU regulator, mitochondrial
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ion channel (イオンチャネル)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / uniporter activity / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis ...negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / uniporter activity / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium ion import / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of mitochondrial fission / Mitochondrial protein degradation / calcium channel complex / calcium-mediated signaling / ミトコンドリア / calcium channel activity / protein homooligomerization / ミトコンドリア / positive regulation of insulin secretion / defense response / protein complex oligomerization / glucose homeostasis / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリアマトリックス / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / ミトコンドリア / 核質 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uptake protein 1/2/3 / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / EFハンド / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uptake protein 1/2/3 / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / EFハンド / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uptake protein 2, mitochondrial / Calcium uniporter protein, mitochondrial / Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Essential MCU regulator, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Wang, Y. / Jiang, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the Ca-dependent gating of the human mitochondrial calcium uniporter.
著者: Yan Wang / Yan Han / Ji She / Nam X Nguyen / Vamsi K Mootha / Xiao-Chen Bai / Youxing Jiang /
要旨: Mitochondrial Ca uptake is mediated by an inner mitochondrial membrane protein called the mitochondrial calcium uniporter. In humans, the uniporter functions as a holocomplex consisting of MCU, EMRE, ...Mitochondrial Ca uptake is mediated by an inner mitochondrial membrane protein called the mitochondrial calcium uniporter. In humans, the uniporter functions as a holocomplex consisting of MCU, EMRE, MICU1 and MICU2, among which MCU and EMRE form a subcomplex and function as the conductive channel while MICU1 and MICU2 are EF-hand proteins that regulate the channel activity in a Ca-dependent manner. Here, we present the EM structures of the human mitochondrial calcium uniporter holocomplex (uniplex) in the presence and absence of Ca, revealing distinct Ca dependent assembly of the uniplex. Our structural observations suggest that Ca changes the dimerization interaction between MICU1 and MICU2, which in turn determines how the MICU1-MICU2 subcomplex interacts with the MCU-EMRE channel and, consequently, changes the distribution of the uniplex assemblies between the blocked and unblocked states.
履歴
登録2020年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22216
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium uniporter protein, mitochondrial
B: Essential MCU regulator, mitochondrial
C: Calcium uniporter protein, mitochondrial
D: Essential MCU regulator, mitochondrial
E: Calcium uniporter protein, mitochondrial
F: Essential MCU regulator, mitochondrial
G: Calcium uniporter protein, mitochondrial
H: Essential MCU regulator, mitochondrial
Q: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
R: Calcium uptake protein 2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,67410
ポリマ－309,67410
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Calcium uniporter protein, mitochondrial / HsMCU / Coiled-coil domain-containing protein 109A / MCU


分子量: 39920.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCU, C10orf42, CCDC109A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NE86
#2: タンパク質
Essential MCU regulator, mitochondrial / Single-pass membrane protein with aspartate-rich tail 1 / mitochondrial / EMRE


分子量: 11454.140 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMDT1, C22orf32, EMRE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H4I9
#3: タンパク質 Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Atopy-related autoantigen CALC / ara CALC / Calcium-binding atopy-related autoantigen 1


分子量: 54432.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU1, CALC, CBARA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BPX6
#4: タンパク質 Calcium uptake protein 2, mitochondrial / EF-hand domain-containing family member A1


分子量: 49742.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU2, EFHA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IYU8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MCU/EMRE/MICU1/MICU2 complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: low calcium blocking state / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.529 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was reconstituted in Msp1 nanodiscs
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 30.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120792 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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