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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wqn | ||||||
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タイトル | Structure of the 50S subunit of the ribosome from Methicillin Resistant Staphylococcus aureus in complex with the antibiotic, contezolid | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / antibiotic / contezolid / oxazolidinone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding ...large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Belousoff, M.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Pharmacol Transl Sci / 年: 2020 タイトル: Characterization of the Core Ribosomal Binding Region for the Oxazolidone Family of Antibiotics Using Cryo-EM. 著者: Alexander Wright / Kieran Deane-Alder / Edward Marschall / Rebecca Bamert / Hari Venugopal / Trevor Lithgow / David W Lupton / Matthew J Belousoff / 要旨: Linezolid and tedizolid are oxazolidinones with established clinical utility for the treatment of Gram-positive pathogens. Over time it has become apparent that even modest structural changes to the ...Linezolid and tedizolid are oxazolidinones with established clinical utility for the treatment of Gram-positive pathogens. Over time it has become apparent that even modest structural changes to the core phenyl oxazolidinone leads to drastic changes in biological activity. Consequently, the structure-activity relationship around the core oxazolidinone is constantly evolving, often reflected with new structural motifs present in nascent oxazolidinones. Herein we describe the use of cryo-electron microscopy to examine the differences in binding of several functionally different oxazolidinones in the hopes of enhanced understanding of their SAR. Tedizolid, radezolid, T145, and contezolid have been examined within the peptidyl transferase center (PTC) of the 50S ribosomal subunit from methicillin resistant . The ribosome-antibiotic complexes were resolved to a resolution of around 3 Å enabling unambiguous assignment of how each antibiotic interacts with the PTC. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wqn.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wqn.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wqn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wqn_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wqn_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6wqn_validation.xml.gz | 132.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wqn_validation.cif.gz | 221.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/6wqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/6wqn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+50S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 ABCDEFGHJKLMNOPQRSVWXYZaI
-RNA鎖 , 2種, 2分子 12
#25: RNA鎖 | 分子量: 946680.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 1760383645 |
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#26: RNA鎖 | 分子量: 36957.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 1750990749 |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#28: 化合物 | ChemComp-ZC0 / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 50S ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#27 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18rc1_3777: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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