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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wj3 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the SLC38A9-RagA-RagC-Ragulator complex in the post-GAP state | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / small GTPase / mTORC1 activation / amino acid signaling / lysosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / L-arginine transmembrane transport / L-arginine transmembrane transporter activity / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity ...asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / L-arginine transmembrane transport / L-arginine transmembrane transporter activity / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / L-amino acid transmembrane transporter activity / L-leucine transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transport / protein localization to cell junction / regulation of TORC1 signaling / amino acid transmembrane transporter activity / protein localization to lysosome / TORC1 signaling / regulation of TOR signaling / endosome organization / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / fibroblast migration / lysosome localization / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / protein localization to membrane / kinase activator activity / enzyme-substrate adaptor activity / arginine binding / azurophil granule membrane / endosomal transport / regulation of cell size / Macroautophagy / small GTPase-mediated signal transduction / lysosome organization / cholesterol binding / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / mTORC1-mediated signalling / cellular response to nutrient levels / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / positive regulation of TOR signaling / regulation of receptor recycling / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / response to amino acid / specific granule membrane / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of TORC1 signaling / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RAC1 GTPase cycle / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / negative regulation of autophagy / viral genome replication / RNA splicing / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of interleukin-8 production / cholesterol homeostasis / regulation of cell growth / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / cellular response to amino acid stimulus / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to virus / MAP2K and MAPK activation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein localization / positive regulation of protein localization to nucleus / GDP binding / late endosome / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / GTPase binding / glucose homeostasis / late endosome membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / lysosome / endosome membrane / intracellular signal transduction / membrane raft / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / GTPase activity / DNA-templated transcription / apoptotic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Fromm, S.A. / Hurley, J.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Structural mechanism for amino acid-dependent Rag GTPase nucleotide state switching by SLC38A9. 著者: Simon A Fromm / Rosalie E Lawrence / James H Hurley / 要旨: The Rag GTPases (Rags) recruit mTORC1 to the lysosomal membrane in response to nutrients, where it is then activated in response to energy and growth factor availability. The lysosomal folliculin ...The Rag GTPases (Rags) recruit mTORC1 to the lysosomal membrane in response to nutrients, where it is then activated in response to energy and growth factor availability. The lysosomal folliculin (FLCN) complex (LFC) consists of the inactive Rag dimer, the pentameric scaffold Ragulator, and the FLCN:FNIP2 (FLCN-interacting protein 2) GTPase activating protein (GAP) complex, and prevents Rag dimer activation during amino acid starvation. How the LFC is disassembled upon amino acid refeeding is an outstanding question. Here we show that the cytoplasmic tail of the human lysosomal solute carrier family 38 member 9 (SLC38A9) destabilizes the LFC and thereby triggers GAP activity of FLCN:FNIP2 toward RagC. We present the cryo-EM structures of Rags in complex with their lysosomal anchor complex Ragulator and the cytoplasmic tail of SLC38A9 in the pre- and post-GTP hydrolysis state of RagC, which explain how SLC38A9 destabilizes the LFC and so promotes Rag dimer activation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wj3.cif.gz | 224.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wj3.ent.gz | 168.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wj3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wj3_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wj3_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6wj3_validation.xml.gz | 49 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wj3_validation.cif.gz | 71 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wj3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Ragulator complex protein ... , 5種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 18325.350 Da / 分子数: 1 / 変異: G2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR1, C11orf59, PDRO, PP7157 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q6IAA8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13645.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR2, MAPBPIP, ROBLD3, HSPC003 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y2Q5 |
#3: タンパク質 | 分子量: 13637.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR3, MAP2K1IP1, MAPKSP1, PRO2783 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9UHA4 |
#4: タンパク質 | 分子量: 10753.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q0VGL1 |
#5: タンパク質 | 分子量: 18178.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, hCG_40252 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A0C4DGV4 |
-Ras-related GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 FG
#6: タンパク質 | 分子量: 39362.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q7L523 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 44758.336 Da / 分子数: 1 / 変異: D181N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGC 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9HB90 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 H
#8: タンパク質 | 分子量: 13610.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC38A9, URLC11 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NBW4 |
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-非ポリマー , 2種, 2分子
#9: 化合物 | ChemComp-GDP / |
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#10: 化合物 | ChemComp-U3J / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.17 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 5.7 sec. / 電子線照射量: 60.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3736: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2309565 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 106659 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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