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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wh3 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Capsid structure of Penaeus monodon metallodensovirus at pH 8.2 | ||||||||||||||||||
要素 | Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein | ||||||||||||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / parvovirus / densovirus / Penaeus monodon / crustacean / pathogen / Parvovirinae / metallodensovirus / shrimp / prawn / capsid | ||||||||||||||||||
生物種 | Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Penzes, J.J. / Pham, H.T. / Chipman, P. / Bhattacharya, N. / McKenna, R. / Agbandje-McKenna, M. / Tijssen, P. | ||||||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Molecular biology and structure of a novel penaeid shrimp densovirus elucidate convergent parvoviral host capsid evolution. 著者: Judit J Pénzes / Hanh T Pham / Paul Chipman / Nilakshee Bhattacharya / Robert McKenna / Mavis Agbandje-McKenna / Peter Tijssen / 要旨: The giant tiger prawn () is a decapod crustacean widely reared for human consumption. Currently, viruses of two distinct lineages of parvoviruses (PVs, family ; subfamily ) infect penaeid shrimp. ...The giant tiger prawn () is a decapod crustacean widely reared for human consumption. Currently, viruses of two distinct lineages of parvoviruses (PVs, family ; subfamily ) infect penaeid shrimp. Here, a PV was isolated and cloned from Vietnamese specimens, designated metallodensovirus (PmMDV). This is the first member of a third divergent lineage shown to infect penaeid decapods. PmMDV has a transcription strategy unique among invertebrate PVs, using extensive alternative splicing and incorporating transcription elements characteristic of vertebrate-infecting PVs. The PmMDV proteins have no significant sequence similarity with other PVs, except for an SF3 helicase domain in its nonstructural protein. Its capsid structure, determined by cryoelectron microscopy to 3-Å resolution, has a similar surface morphology to densovirus, despite the lack of significant capsid viral protein (VP) sequence similarity. Unlike other PVs, PmMDV folds its VP without incorporating a βA strand and displayed unique multimer interactions, including the incorporation of a Ca cation, attaching the N termini under the icosahedral fivefold symmetry axis, and forming a basket-like pentamer helix bundle. While the PmMDV VP sequence lacks a canonical phospholipase A2 domain, the structure of an EDTA-treated capsid, determined to 2.8-Å resolution, suggests an alternative membrane-penetrating cation-dependent mechanism in its N-terminal region. PmMDV is an observed example of convergent evolution among invertebrate PVs with respect to host-driven capsid structure and unique as a PV showing a cation-sensitive/dependent basket structure for an alternative endosomal egress. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wh3.cif.gz | 3.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wh3.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6wh3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wh3_validation.pdf.gz | 934.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wh3_full_validation.pdf.gz | 962.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6wh3_validation.xml.gz | 404.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wh3_validation.cif.gz | 548.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/6wh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/6wh3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41130.918 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス) 遺伝子: ORF4 / プラスミド: pFastBac1-HM / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) #2: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Penaeus monodon metallodensovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 細胞: Sf9 / プラスミド: pFastBac1-HM |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
天然宿主 | 生物種: Penaeus monodon |
ウイルス殻 | 三角数 (T数): 1 |
緩衝液 | pH: 8.2 詳細: 20 mM HEPES, 20 mM MES, 20 mM sodium acetate, 0.15 M NaCl, 3.7 mM CaCl2 |
緩衝液成分 | 名称: Universal buffer |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 75 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10-2155_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / 粒子像の数: 12873 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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