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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wb9 | ||||||
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タイトル | Structure of the S. cerevisiae ER membrane complex | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / insertase / complex / ER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / phospholipid metabolic process / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane ...EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / phospholipid metabolic process / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Bai, L. / Li, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structure of the ER membrane complex, a transmembrane-domain insertase. 著者: Lin Bai / Qinglong You / Xiang Feng / Amanda Kovach / Huilin Li / 要旨: The endoplasmic reticulum (ER) membrane complex (EMC) cooperates with the Sec61 translocon to co-translationally insert a transmembrane helix (TMH) of many multi-pass integral membrane proteins into ...The endoplasmic reticulum (ER) membrane complex (EMC) cooperates with the Sec61 translocon to co-translationally insert a transmembrane helix (TMH) of many multi-pass integral membrane proteins into the ER membrane, and it is also responsible for inserting the TMH of some tail-anchored proteins. How EMC accomplishes this feat has been unclear. Here we report the first, to our knowledge, cryo-electron microscopy structure of the eukaryotic EMC. We found that the Saccharomyces cerevisiae EMC contains eight subunits (Emc1-6, Emc7 and Emc10), has a large lumenal region and a smaller cytosolic region, and has a transmembrane region formed by Emc4, Emc5 and Emc6 plus the transmembrane domains of Emc1 and Emc3. We identified a five-TMH fold centred around Emc3 that resembles the prokaryotic YidC insertase and that delineates a largely hydrophilic client protein pocket. The transmembrane domain of Emc4 tilts away from the main transmembrane region of EMC and is partially mobile. Mutational studies demonstrated that the flexibility of Emc4 and the hydrophilicity of the client pocket are required for EMC function. The EMC structure reveals notable evolutionary conservation with the prokaryotic insertases, suggests that eukaryotic TMH insertion involves a similar mechanism, and provides a framework for detailed understanding of membrane insertion for numerous eukaryotic integral membrane proteins and tail-anchored proteins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wb9.cif.gz | 333 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wb9.ent.gz | 270.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wb9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wb9_validation.pdf.gz | 816.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wb9_full_validation.pdf.gz | 845.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6wb9_validation.xml.gz | 53.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wb9_validation.cif.gz | 79.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/6wb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/6wb9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 07
#1: タンパク質 | 分子量: 22792.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12025 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 26627.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P39543 |
-ER membrane protein complex subunit ... , 6種, 6分子 123456
#2: タンパク質 | 分子量: 87272.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P25574 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 33893.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P47133 |
#4: タンパク質 | 分子量: 28372.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P36039 |
#5: タンパク質 | 分子量: 21478.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P53073 |
#6: タンパク質 | 分子量: 15926.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P40540 |
#7: タンパク質 | 分子量: 12401.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12431 |
-糖 / 非ポリマー , 2種, 8分子
#10: 化合物 | #9: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ER Membrane Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 590118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 355991 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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