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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w18 | ||||||
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タイトル | Structure of S. pombe Arp2/3 complex in inactive state | ||||||
要素 | (Actin-related protein ...) x 7 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Arp2/3 / actin / cytoskeletal protein / actin regulator | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch organization / Neutrophil degranulation / medial cortex / cell cortex of cell tip / actin cortical patch assembly / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation ...Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch organization / Neutrophil degranulation / medial cortex / cell cortex of cell tip / actin cortical patch assembly / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cell tip / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / cortical actin cytoskeleton organization / establishment or maintenance of cell polarity / cell division site / mitotic cytokinesis / actin filament polymerization / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / actin filament binding / cell cortex / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Shaaban, M. / Nolen, B.J. / Chowdhury, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM reveals the transition of Arp2/3 complex from inactive to nucleation-competent state. 著者: Mohammed Shaaban / Saikat Chowdhury / Brad J Nolen / 要旨: Arp2/3 complex, a crucial actin filament nucleator, undergoes structural rearrangements during activation by nucleation-promoting factors (NPFs). However, the conformational pathway leading to the ...Arp2/3 complex, a crucial actin filament nucleator, undergoes structural rearrangements during activation by nucleation-promoting factors (NPFs). However, the conformational pathway leading to the nucleation-competent state is unclear due to lack of high-resolution structures of the activated state. Here we report a ~3.9 Å resolution cryo-EM structure of activated Schizosaccharomyces pombe Arp2/3 complex bound to the S. pombe NPF Dip1 and attached to the end of the nucleated actin filament. The structure reveals global and local conformational changes that allow the two actin-related proteins in Arp2/3 complex to mimic a filamentous actin dimer and template nucleation. Activation occurs through a clamp-twisting mechanism, in which Dip1 forces two core subunits in Arp2/3 complex to pivot around one another, shifting half of the complex into a new activated position. By showing how Dip1 stimulates activation, the structure reveals how NPFs can activate Arp2/3 complex in diverse cellular processes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w18.cif.gz | 327.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w18.ent.gz | 245.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w18.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w18_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w18_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6w18_validation.xml.gz | 57.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w18_validation.cif.gz | 89.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w18 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Actin-related protein ... , 7種, 7分子 ABCDEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 47427.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P32390 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 44286.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9UUJ1 |
#3: タンパク質 | 分子量: 41643.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P78774 |
#4: タンパク質 | 分子量: 37025.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O14241 |
#5: タンパク質 | 分子量: 19865.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9Y7J4 |
#6: タンパク質 | 分子量: 19637.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q92352 |
#7: タンパク質 | 分子量: 16922.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) Plasmid details: Fission yeast / 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q10316 |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Arp2/3 complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: Inactive state of S. pombe Arp2/3 complex / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.225 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 細胞内の位置: cytoplasm | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 20mA current / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: 4 uL of sample was applied to freshly glow-discharged grid. Excess sample was manually blotted off with a dry Whatman No.1 filter paper for 5-7 seconds. Immediately after the blotting step ...詳細: 4 uL of sample was applied to freshly glow-discharged grid. Excess sample was manually blotted off with a dry Whatman No.1 filter paper for 5-7 seconds. Immediately after the blotting step the sample containing grid was rapidly vitrified by plunge freezing into liquid ethane. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA 詳細: Data were collected by combining untilted and tilted (20, 30 and 40 degrees) images. Stage shifting to the targeted exposure position was used for navigation during data acquisition. |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -1300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 40 sec. / 電子線照射量: 44.34 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 5309 詳細: Each micrograph was collected as dose-fractionated movies consisting of 62 fractions per movie. |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4000 / 縦: 4000 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Local CTF estimation was performed for all micrographs using the CTF estimation package within cryoSPARC. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3336981 / 詳細: Automated Gaussian-based blob picker was used. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112170 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3DWL Accession code: 3DWL / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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