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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vyg | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Plasmodium vivax hexokinase (Closed state) | ||||||
要素 | Phosphotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Hexokinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hexokinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / mannokinase activity / fructokinase activity / glucokinase activity / mannose metabolic process / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process ...hexokinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / mannokinase activity / fructokinase activity / glucokinase activity / mannose metabolic process / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Srivastava, S.S. / Darling, J.E. / Suryadi, J. / Morris, J.C. / Drew, M.E. / Subramaniam, S. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2020 タイトル: and human hexokinases share similar active sites but display distinct quaternary architectures. 著者: Shanti Swaroop Srivastava / Joseph E Darling / Jimmy Suryadi / James C Morris / Mark E Drew / Sriram Subramaniam / 要旨: Malaria is a devastating disease caused by a protozoan parasite. It affects over 300 million individuals and results in over 400 000 deaths annually, most of whom are young children under the age ...Malaria is a devastating disease caused by a protozoan parasite. It affects over 300 million individuals and results in over 400 000 deaths annually, most of whom are young children under the age of five. Hexokinase, the first enzyme in glucose metabolism, plays an important role in the infection process and represents a promising target for therapeutic intervention. Here, cryo-EM structures of two conformational states of hexokinase (PvHK) are reported at resolutions of ∼3 Å. It is shown that unlike other known hexokinase structures, PvHK displays a unique tetrameric organization (∼220 kDa) that can exist in either open or closed quaternary conformational states. Despite the resemblance of the active site of PvHK to its mammalian counterparts, this tetrameric organization is distinct from that of human hexokinases, providing a foundation for the structure-guided design of parasite-selective antimalarial drugs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vyg.cif.gz | 299.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vyg.ent.gz | 250.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vyg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vyg_validation.pdf.gz | 866.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vyg_full_validation.pdf.gz | 881.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6vyg_validation.xml.gz | 49.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vyg_validation.cif.gz | 73.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/6vyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/6vyg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56851.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) 遺伝子: PVC01_110030900, PVP01_1125500, PVT01_110029900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2 参照: UniProt: A0A1G4HFC9, UniProt: A5K274*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Plasmodium vivax hexokinase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Origami 2 |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60.32 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 181611 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6623 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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