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万見
- PDB-6vx4: Density-fitted Model Structure of Antibody Variable Domains of Ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vx4
タイトルDensity-fitted Model Structure of Antibody Variable Domains of TyTx11 in Complex with Typhoid Toxin
要素
  • Cytolethal distending toxin subunit B
  • Pertussis like toxin subunit B
  • Pertussis toxin-like subunit ArtA
  • Variable Domain of Heavy Chain of Antibody TyTx11
  • Variable Domain of Kappa Chain of TyTx11 Antibody
キーワードTOXIN / Typhoid Toxin / A2B5 / Antibody / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / : / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / toxin activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cytolethal distending toxin B / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Enterotoxin / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Pertussis like toxin subunit B / Pertussis-like toxin subunit ArtA / Cytolethal distending toxin S-CDT / Pertussis-like toxin subunit / Pertussis toxin-like subunit ArtA / Cytolethal distending toxin subunit B homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Nguyen, T. / Song, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R03 AI135767 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM098621 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM116942 米国
引用ジャーナル: iScience / 年: 2021
タイトル: Mechanisms of typhoid toxin neutralization by antibodies targeting glycan receptor binding and nuclease subunits.
著者: Changhwan Ahn / Yi-An Yang / Durga P Neupane / Tri Nguyen / Angelene F Richards / Ji Hyun Sim / Nicholas J Mantis / Jeongmin Song /
要旨: Nearly all clinical isolates of Typhi, the cause of typhoid fever, are antibiotic resistant. All Typhi isolates secrete an AB exotoxin called typhoid toxin to benefit the pathogen during infection. ...Nearly all clinical isolates of Typhi, the cause of typhoid fever, are antibiotic resistant. All Typhi isolates secrete an AB exotoxin called typhoid toxin to benefit the pathogen during infection. Here, we demonstrate that antibiotic-resistant Typhi secretes typhoid toxin continuously during infection regardless of antibiotic treatment. We characterize typhoid toxin antibodies targeting glycan-receptor-binding PltB or nuclease CdtB, which neutralize typhoid toxin and , as demonstrated by using typhoid toxin secreted by antibiotic-resistant Typhi during human cell infection and lethal dose typhoid toxin challenge to mice. TyTx11 generated in this study neutralizes typhoid toxin effectively, comparable to TyTx4 that binds to all PltB subunits available per holotoxin. Cryoelectron microscopy explains that the binding of TyTx11 to CdtB makes this subunit inactive through CdtB catalytic-site conformational change. The identified toxin-neutralizing epitopes are conserved across all Typhi clinical isolates, offering critical insights into typhoid toxin-neutralizing strategies.
履歴
登録2020年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21429
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: Variable Domain of Kappa Chain of TyTx11 Antibody
C: Pertussis like toxin subunit B
H: Variable Domain of Heavy Chain of Antibody TyTx11
A: Pertussis like toxin subunit B
B: Pertussis like toxin subunit B
D: Pertussis like toxin subunit B
E: Pertussis like toxin subunit B
G: Pertussis toxin-like subunit ArtA
F: Cytolethal distending toxin subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,8229
ポリマ－147,8229
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体 Variable Domain of Kappa Chain of TyTx11 Antibody


分子量: 11689.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybridoma / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: タンパク質
Pertussis like toxin subunit B / Subtilase cytotoxin subunit B


分子量: 12563.042 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
遺伝子: pltB, D4F19_07865, D4F39_13740, D4G09_02615, D4X81_03235, D5848_06295, D5891_16360, D5B50_14740, D5C10_10475, D6331_06440, D6K86_15515, D6P24_09080, D6Q71_07195, D7N07_01470, D8R98_02600, ...遺伝子: pltB, D4F19_07865, D4F39_13740, D4G09_02615, D4X81_03235, D5848_06295, D5891_16360, D5B50_14740, D5C10_10475, D6331_06440, D6K86_15515, D6P24_09080, D6Q71_07195, D7N07_01470, D8R98_02600, D8S38_09485, DL104_04040, DLF44_02615, DM364_15630, DMA85_08120, DMV05_17400, DN022_06665, DN116_07470, DN223_02675, DNJ32_13915, DNL67_05455, DNM39_02515, DNV82_15785, DNV95_15160, DOH59_08615, DP757_14390, DPC06_03915, DPJ15_14935, DPS97_10830, DQ802_09840, DQD72_07750, DQJ57_09285, DRE79_02610, DRW87_14355, DRX58_02590, DRX79_07315, DS260_02735, DS269_05775, DS339_07525, DS529_00005, DSM93_00460, DST18_05335, DTV88_06700, DU090_09370, DUQ83_10880, DUW14_00135, DVF55_05015, EDK96_01785, EIT32_03595, EIT43_00570, YL55_10165
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A286LNT9, UniProt: Q8Z6A3*PLUS
#3: 抗体 Variable Domain of Heavy Chain of Antibody TyTx11


分子量: 20049.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: タンパク質 Pertussis toxin-like subunit ArtA / Pertussis-like toxin subunit ArtA


分子量: 25117.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
遺伝子: artA, CIJ14_23170, D4382_23660, D4E24_23260, D4Y21_22940, D5806_21720, D6Q50_22735, D9Q66_22850, DJ817_22925, DJ902_22835, DKA33_22665, DOG98_22205, DP807_22355, DPD01_22815, DPO73_22750, ...遺伝子: artA, CIJ14_23170, D4382_23660, D4E24_23260, D4Y21_22940, D5806_21720, D6Q50_22735, D9Q66_22850, DJ817_22925, DJ902_22835, DKA33_22665, DOG98_22205, DP807_22355, DPD01_22815, DPO73_22750, DQ973_22620, DQC14_23005, DQC85_22640, DQS90_22840, EDL32_22840, EGM32_22620, EIW71_22495, PltA
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Z7CEY9, UniProt: Q8Z6A4*PLUS
#5: タンパク質 Cytolethal distending toxin subunit B / Cytolethal distending toxin subunit B family protein / Cytolethal distending toxin subunit CdtB


分子量: 28149.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
遺伝子: cdtB, ABO08_07050, ACK79_04015, ACS18_04320, ADQ64_04510, AF726_04075, AG53_02460, AH360_09375, AH874_08650, AHN91_05150, AHS86_01310, AHX56_04670, AHY46_21185, AIA22_01750, AID13_25040, ...遺伝子: cdtB, ABO08_07050, ACK79_04015, ACS18_04320, ADQ64_04510, AF726_04075, AG53_02460, AH360_09375, AH874_08650, AHN91_05150, AHS86_01310, AHX56_04670, AHY46_21185, AIA22_01750, AID13_25040, ALX58_21685, AU833_04405, AU920_00110, AXO05_06525, BXD49_09845, BXO48_02100, C3O10_15300, CIJ14_23185, D4382_23675, D4E01_03970, D4E24_23275, D4E82_03815, D4X65_01210, D4Y21_22955, D4Y61_01580, D5769_01120, D5773_04415, D5806_21735, D5905_00655, D5938_05180, D5A94_07255, D5B66_02920, D5P52_03820, D5W53_03345, D5X56_14350, D6J84_12220, D6Q32_04050, D6Q48_23450, D6Q50_22750, D6R14_01875, D6S47_01810, D6S52_04640, D7M89_03925, D7O59_01230, D8Q95_07260, D8R18_22625, D8R28_03780, D8R78_05465, D8S31_11805, D9P30_01530, D9P43_07260, D9Q66_22865, DAX91_01380, DJ817_22940, DJ902_22850, DK094_15420, DK681_22625, DK719_00065, DKA33_22680, DKS84_01205, DKT00_12650, DL111_03690, DLB36_01945, DLC21_01190, DM347_00605, DM358_02585, DMA89_03440, DML97_01185, DMM24_06680, DMU80_01195, DMU94_00450, DMV34_24005, DN115_03160, DN181_02750, DN218_09840, DN257_00960, DNM18_03225, DNP18_20975, DNU33_00605, DNU46_06990, DNV11_08545, DNV24_09060, DNV84_01240, DNZ24_19360, DNZ91_01190, DO736_07435, DO994_18310, DOA32_23160, DOC12_13865, DOC15_02915, DOC34_02235, DOG98_22220, DOH12_03665, DOQ73_02885, DOR42_02915, DOR52_05945, DOW79_02275, DOX21_23175, DP728_08755, DP748_00630, DP792_04070, DP807_22370, DP838_14200, DPC30_05570, DPD01_22830, DPD54_23140, DPE66_01635, DPE90_12380, DPJ07_11775, DPK35_02680, DPO73_22765, DPR96_19355, DPS68_01210, DPT88_22945, DPZ91_06800, DQ837_03030, DQ973_22635, DQ986_03355, DQC14_23020, DQC85_22655, DQJ66_20360, DQJ71_17745, DQK72_01185, DQR07_01185, DQS17_02890, DQS90_22855, DQY62_02055, DQZ13_01205, DRA30_01205, DRF26_01185, DRK15_02285, DRK71_19590, DRK91_13535, DRL63_05765, DRM75_04210, DRT15_23155, DRU74_02985, DRV60_04480, DRX43_08215, DRY73_10160, DRZ18_10315, DS251_02230, DS368_09485, DS470_09640, DS570_05080, DS689_07420, DSA82_02305, DSA99_17640, DSF62_00555, DSQ94_23515, DTE82_23795, DTF17_02235, DTF39_05055, DTG02_04520, DTG24_03875, DTG49_09625, DTG90_25155, DTH05_08145, DTT89_00540, DTU25_03425, DTW06_03295, DU078_23475, DU168_00610, DU852_01200, DU949_19355, DUA52_03235, DUC30_24990, DUE02_01595, DUP59_10365, DUQ37_03210, DUQ73_01530, DUR82_01195, DUR89_07585, DUU35_01075, DUU43_23100, DUU47_01595, DUV63_05900, DVF01_11150, EBC34_19090, EBC39_01055, ECA57_07075, ED432_03555, EDL32_22855, EGM22_03890, EGM32_22635, EHB26_00195, EHD17_22415, EHF16_02745, EIW64_10595, EIW71_22510, EIW76_01180, GX90_01205, JF03_03615, KO25_07020, LB54_02820, NCTC8272_01874, QC88_03775, R126_05570, R133_02035, RY52_03905, YR14_00925, ZG82_07355
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A447PE99, UniProt: Q8Z6A7*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Complex of TyTx11 Fab with Typhoid toxinCOMPLEXMap of Fab segment of IgG antibody TyTx11 in complex with purified Typhoid toxinall0MULTIPLE SOURCES
2Typhoid toxinCOMPLEXS. Typhi A2B5 toxin wild type#2, #4-#51RECOMBINANT
3TyTx11 FabCOMPLEXFab segment of IgG antibody TyTx11#1, #31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
13
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)220341
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
12Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090Hybridoma
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
115 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneTris1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Freshly prepared size-exclusion-chromatography purified complex of TyTx11 IgG and Typhoid toxin wild-type
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: blot for 2.0 second before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 63000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 54.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3765: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIX1.16-3549モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61478 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Initial local fitting was done using Chimera and then Coot was used for rebuilding Fab variable domains into correct sequences. Refinement was performed using Real Space Refine in PHENIX and ...詳細: Initial local fitting was done using Chimera and then Coot was used for rebuilding Fab variable domains into correct sequences. Refinement was performed using Real Space Refine in PHENIX and was iterated with manual building in Coot.
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
14K6L

4k6l

1
26GFF

6gff

K1
31F11

1f11

B1
41
51
61
71
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00210059
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.39813702
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.3671377
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421521
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0021756

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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