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- PDB-6vum: Structure of nevanimibe-bound human tetrameric ACAT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vum
タイトルStructure of nevanimibe-bound human tetrameric ACAT1
要素Sterol O-acyltransferase 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cholesterol / cholesteryl ester / acyltransferase / MBOAT
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux ...sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux / macrophage derived foam cell differentiation / cholesterol binding / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sterol O-acyltransferase, metazoa / Sterol O-acyltransferase, ACAT/DAG/ARE types / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3VV / CHOLESTEROL / COENZYME A / OLEIC ACID / nevanimibe / Sterol O-acyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Li, X. / Long, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of nevanimibe-bound tetrameric human ACAT1.
著者: Tao Long / Yingyuan Sun / Abdirahman Hassan / Xiaofeng Qi / Xiaochun Li /
要旨: Cholesterol is an essential component of mammalian cell membranes, constituting up to 50% of plasma membrane lipids. By contrast, it accounts for only 5% of lipids in the endoplasmic reticulum (ER). ...Cholesterol is an essential component of mammalian cell membranes, constituting up to 50% of plasma membrane lipids. By contrast, it accounts for only 5% of lipids in the endoplasmic reticulum (ER). The ER enzyme sterol O-acyltransferase 1 (also named acyl-coenzyme A:cholesterol acyltransferase, ACAT1) transfers a long-chain fatty acid to cholesterol to form cholesteryl esters that coalesce into cytosolic lipid droplets. Under conditions of cholesterol overload, ACAT1 maintains the low cholesterol concentration of the ER and thereby has an essential role in cholesterol homeostasis. ACAT1 has also been implicated in Alzheimer's disease, atherosclerosis and cancers. Here we report a cryo-electron microscopy structure of human ACAT1 in complex with nevanimibe, an inhibitor that is in clinical trials for the treatment of congenital adrenal hyperplasia. The ACAT1 holoenzyme is a tetramer that consists of two homodimers. Each monomer contains nine transmembrane helices (TMs), six of which (TM4-TM9) form a cavity that accommodates nevanimibe and an endogenous acyl-coenzyme A. This cavity also contains a histidine that has previously been identified as essential for catalytic activity. Our structural data and biochemical analyses provide a physical model to explain the process of cholesterol esterification, as well as details of the interaction between nevanimibe and ACAT1, which may help to accelerate the development of ACAT1 inhibitors to treat related diseases.
履歴
登録2020年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21390
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterol O-acyltransferase 1
B: Sterol O-acyltransferase 1
C: Sterol O-acyltransferase 1
D: Sterol O-acyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,48726
ポリマ－263,2054
非ポリマー10,28222
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Sterol O-acyltransferase 1 / Acyl-coenzyme A:cholesterol acyltransferase 1 / ACAT-1 / Cholesterol acyltransferase 1


分子量: 65801.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOAT1, ACACT, ACACT1, ACAT, ACAT1, SOAT, STAT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35610, sterol O-acyltransferase

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非ポリマー , 5種, 22分子

#2: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物
ChemComp-ROV / nevanimibe / N-({1-[4-(dimethylamino)phenyl]cyclopentyl}methyl)-N'-[2,6-di(propan-2-yl)phenyl]urea / PD-132301


分子量: 421.618 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H39N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#6: 化合物 ChemComp-3VV / S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name) / oleoyl-CoA / オレオイルCoA


分子量: 1031.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ACAT1 / タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0135 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 263839 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.67→274.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.801 / SU B: 22.557 / SU ML: 0.327 / ESU R: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.4387 --
obs0.4387 880402 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 111.677 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.57 Å20.45 Å2-0.03 Å2
2--2.53 Å20 Å2
3----4.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 14388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.0214946
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.0214138
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1871.9820426
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.982332224
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.8551632
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg30.16221.288652
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.044152124
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg11.5991584
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0660.22182
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0040.0216016
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.024048
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it0.96311.6466540
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other0.96311.6466539
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it1.81117.4688168
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other1.81117.4688169
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it0.54411.1568406
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other0.54411.1568407
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other1.0816.74712259
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined5.02193.92817901
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other5.02193.92917902
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.67→3.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork1.976 66025 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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