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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vrs | ||||||||||||||||||
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タイトル | Single particle reconstruction of glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus based on data acquired in the presence of substantial aberrations | ||||||||||||||||||
要素 | xylose isomerase | ||||||||||||||||||
キーワード | ISOMERASE / glucose isomerase | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Streptomyces rubiginosus (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Bromberg, R. / Guo, Y. / Borek, D. / Otwinowski, Z. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2020 タイトル: High-resolution cryo-EM reconstructions in the presence of substantial aberrations. 著者: Raquel Bromberg / Yirui Guo / Dominika Borek / Zbyszek Otwinowski / 要旨: Here, an analysis is performed of how uncorrected antisymmetric aberrations, such as coma and trefoil, affect cryo-EM single-particle reconstruction (SPR) results, and an analytical formula ...Here, an analysis is performed of how uncorrected antisymmetric aberrations, such as coma and trefoil, affect cryo-EM single-particle reconstruction (SPR) results, and an analytical formula quantifying information loss owing to their presence is inferred that explains why Fourier-shell coefficient-based statistics may report significantly overestimated resolution if these aberrations are not fully corrected. The analysis is validated with reference-based aberration refinement for two cryo-EM SPR data sets acquired with a 200 kV microscope in the presence of coma exceeding 40 µm, and 2.3 and 2.7 Å reconstructions for 144 and 173 kDa particles, respectively, were obtained. The results provide a description of an efficient approach for assessing information loss in cryo-EM SPR data acquired in the presence of higher order aberrations, and address inconsistent guidelines regarding the level of aberrations that is acceptable in cryo-EM SPR experiments. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: High-resolution cryo-EM reconstructions in the presence of substantial aberrations 著者: Bromberg, R. / Guo, Y. / Borek, D. / Otwinowski, Z. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vrs.cif.gz | 306.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vrs.ent.gz | 246.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vrs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vrs_validation.pdf.gz | 743.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vrs_full_validation.pdf.gz | 749.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6vrs_validation.xml.gz | 42.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vrs_validation.cif.gz | 65.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vrs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vrs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 21371MC 6vsaC 6vscC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10360 (タイトル: 2.7 Angstrom cryo-EM reconstructions of glucose isomerase in the presence of substantial aberrations Data size: 1.0 TB Data #1: Unaligned multiframe data for xylose isomerase (glucose isomerase) [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 388 / Label seq-ID: 2 - 388
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: glucose isomerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.1729 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Streptomyces rubiginosus (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: HEPES |
試料 | 濃度: 40 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS TALOS 詳細: The goal of the experiment was to show that it is possible to perform high resolution reconstruction in the presence of higher order aberrations. |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / Residual tilt: 5.3 mradians |
撮影 | 平均露光時間: 100 sec. / 電子線照射量: 120 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 202 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 200 / 利用したフレーム数/画像: 1-200 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0257 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 114522 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61909 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: We used the approach implemented in cisTEM. / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: REFMAC / 詳細: COOT was crucial as well. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5VR0 Accession code: 5VR0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.7→100.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / SU B: 11.452 / SU ML: 0.218 / ESU R: 0.417 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 12208 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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