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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vra | ||||||||||||
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タイトル | Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor | ||||||||||||
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![]() | TRANSLOCASE / anthrax toxin / protective antigen / edema factor / octamer | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of apoptotic process in another organism / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / : / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / catalytic complex ...positive regulation of apoptotic process in another organism / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / : / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / catalytic complex / small molecule binding / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / metallopeptidase activity / toxin activity / calmodulin binding / host cell plasma membrane / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
![]() | Zhou, K. / Hardenbrook, N.J. / Liu, S. / Cui, Y.X. / Krantz, B.A. / Zhou, Z.H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Atomic Structures of Anthrax Prechannel Bound with Full-Length Lethal and Edema Factors. 著者: Kang Zhou / Shiheng Liu / Nathan J Hardenbrook / Yanxiang Cui / Bryan A Krantz / Z Hong Zhou / ![]() 要旨: Pathogenesis of anthrax disease involves two cytotoxic enzymes-edema factor (EF) and lethal factor (LF)-which are individually recruited by the protective antigen heptamer (PA) or octamer (PA) ...Pathogenesis of anthrax disease involves two cytotoxic enzymes-edema factor (EF) and lethal factor (LF)-which are individually recruited by the protective antigen heptamer (PA) or octamer (PA) prechannel and subsequently translocated across channels formed on the endosomal membrane upon exposure to low pH. Here, we report the atomic structures of PA prechannel-bound full-length EF and LF. In this pretranslocation state, the N-terminal segment of both factors refolds into an α helix engaged in the α clamp of the prechannel. Recruitment to the PA prechannel exposes an originally buried β strand of both toxins and enables domain organization of EF. Many interactions occur on domain interfaces in both PA prechannel-bound EF and LF, leading to toxin compaction prior to translocation. Our results provide key insights into the molecular mechanisms of translocation-coupled protein unfolding and translocation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 172 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 265.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82511.336 Da / 分子数: 4 / 変異: K245G, R252N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 82639.672 Da / 分子数: 4 / 変異: D512K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 88955.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 860 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 62.9 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78465 / 対称性のタイプ: POINT |