[日本語] English
万見
- PDB-6vqr: CryoEM Structure of the PfFNT-inhibitor complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vqr
タイトルCryoEM Structure of the PfFNT-inhibitor complex
要素Formate-nitrite transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


high-affinity secondary active nitrite transmembrane transporter activity / lactate transmembrane transport / nitrite transport / lactate:proton symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Formate and nitrite transporters signature 2. / Formate/nitrite transporter / Formate/nitrite transporter, conserved site / Formate/nitrite transporter / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R7M / Formate-nitrite transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Su, C.C. / Lyu, M.
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2021
タイトル: Structural basis of transport and inhibition of the Plasmodium falciparum transporter PfFNT.
著者: Meinan Lyu / Chih-Chia Su / James W Kazura / Edward W Yu /
要旨: The intra-erythrocyte stage of P. falciparum relies primarily on glycolysis to generate adenosine triphosphate (ATP) and the energy required to support growth and reproduction. Lactic acid, a ...The intra-erythrocyte stage of P. falciparum relies primarily on glycolysis to generate adenosine triphosphate (ATP) and the energy required to support growth and reproduction. Lactic acid, a metabolic byproduct of glycolysis, is potentially toxic as it lowers the pH inside the parasite. Plasmodium falciparum formate-nitrite transporter (PfFNT), a 34-kDa transmembrane protein, has been identified as a novel drug target as it exports lactate from inside the parasite to the surrounding parasitophorous vacuole within the erythrocyte cytosol. The structure and detailed molecular mechanism of this membrane protein are not yet available. Here we present structures of PfFNT in the absence and presence of the functional inhibitor MMV007839 at resolutions of 2.56 Å and 2.78 Å using single-particle cryo-electron microscopy. Genetic analysis and transport assay indicate that PfFNT is able to transfer lactate across the membrane. Combined, our data suggest a stepwise displacement mechanism for substrate transport. The PfFNT membrane protein is capable of picking up lactate ions from the parasite's cytosol, converting them to lactic acids and then exporting these acids into the extracellular space.
履歴
登録2020年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21355
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Formate-nitrite transporter
B: Formate-nitrite transporter
C: Formate-nitrite transporter
D: Formate-nitrite transporter
E: Formate-nitrite transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,02210
ポリマ－172,4615
非ポリマー1,5615
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area21640 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area48310 Å2

-
要素

#1: タンパク質
Formate-nitrite transporter


分子量: 34492.281 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0316600 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O77389
#2: 化合物
ChemComp-R7M / (2R)-2-hydroxy-7-methoxy-2-(pentafluoroethyl)-2,3-dihydro-4H-1-benzopyran-4-one


分子量: 312.189 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9F5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: PfFNT / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 29 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3736: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141224 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00611549
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72615684
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.3731567
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461776
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041904

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る