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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vk3 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of Hrd3/Yos9 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / retro-translocation / ERAD / protein degradation / ubiquitination / glycan recognition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ubiquitin-dependent glycoprotein ERAD pathway / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-M complex / detection of unfolded protein / luminal surveillance complex / Hrd1p ubiquitin ligase complex / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / oligosaccharide binding / negative regulation of protein autoubiquitination / retrograde protein transport, ER to cytosol / ERAD pathway ...ubiquitin-dependent glycoprotein ERAD pathway / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-M complex / detection of unfolded protein / luminal surveillance complex / Hrd1p ubiquitin ligase complex / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / oligosaccharide binding / negative regulation of protein autoubiquitination / retrograde protein transport, ER to cytosol / ERAD pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, X. / Rapoport, T.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structural basis of ER-associated protein degradation mediated by the Hrd1 ubiquitin ligase complex. 著者: Xudong Wu / Marc Siggel / Sergey Ovchinnikov / Wei Mi / Vladimir Svetlov / Evgeny Nudler / Maofu Liao / Gerhard Hummer / Tom A Rapoport / 要旨: Misfolded luminal endoplasmic reticulum (ER) proteins undergo ER-associated degradation (ERAD-L): They are retrotranslocated into the cytosol, polyubiquitinated, and degraded by the proteasome. ERAD- ...Misfolded luminal endoplasmic reticulum (ER) proteins undergo ER-associated degradation (ERAD-L): They are retrotranslocated into the cytosol, polyubiquitinated, and degraded by the proteasome. ERAD-L is mediated by the Hrd1 complex (composed of Hrd1, Hrd3, Der1, Usa1, and Yos9), but the mechanism of retrotranslocation remains mysterious. Here, we report a structure of the active Hrd1 complex, as determined by cryo-electron microscopy analysis of two subcomplexes. Hrd3 and Yos9 jointly create a luminal binding site that recognizes glycosylated substrates. Hrd1 and the rhomboid-like Der1 protein form two "half-channels" with cytosolic and luminal cavities, respectively, and lateral gates facing one another in a thinned membrane region. These structures, along with crosslinking and molecular dynamics simulation results, suggest how a polypeptide loop of an ERAD-L substrate moves through the ER membrane. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vk3.cif.gz | 183.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vk3.ent.gz | 145.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vk3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vk3_validation.pdf.gz | 688.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vk3_full_validation.pdf.gz | 702.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6vk3_validation.xml.gz | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vk3_validation.cif.gz | 47.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vk3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84328.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: Hrd3 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q05787*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 61311.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YOS9 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q99220 |
配列の詳細 | The full sequence of poly-UNK region in HRD3 is PDIGSPFIAQVNGVQMTLQIEPMGRFAFNGNDGNINGDEDDE, UniProt ...The full sequence of poly-UNK region in HRD3 is PDIGSPFIAQ |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: a complex of Hrd1/Hrd3/Yos9 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 44.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99298 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.7 Å | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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