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万見
- PDB-6v8i: Composite atomic model of the Staphylococcus aureus phage 80alpha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v8i
タイトルComposite atomic model of the Staphylococcus aureus phage 80alpha baseplate
要素
  • Distal Tail Protein, gp58
  • Fiber Lower, gp62
  • Fiber Upper, gp68
  • Major Tail Protein, gp53
  • Receptor Binding Protein, gp61
  • Tail-Associated Lysin, gp59
  • Tape Measure Protein, gp57
キーワードVIRAL PROTEIN / phage tail / tail tip / tape measure protein
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage 69, Orf23, major tail protein / Prophage tail endopeptidase / Prophage endopeptidase tail / Siphovirus-type tail component / Phage tail protein RIFT-related domain / BppU, N-terminal / BppU N-terminal domain / Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / SGNH hydrolase-type esterase domain ...Bacteriophage 69, Orf23, major tail protein / Prophage tail endopeptidase / Prophage endopeptidase tail / Siphovirus-type tail component / Phage tail protein RIFT-related domain / BppU, N-terminal / BppU N-terminal domain / Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Major tail protein / Tape measure protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Minor structure protein / BppU_N domain-containing protein / Tail fiber protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Kizziah, J.L. / Dokland, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI083255 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Structure of the host cell recognition and penetration machinery of a Staphylococcus aureus bacteriophage.
著者: James L Kizziah / Keith A Manning / Altaira D Dearborn / Terje Dokland /
要旨: Staphylococcus aureus is a common cause of infections in humans. The emergence of virulent, antibiotic-resistant strains of S. aureus is a significant public health concern. Most virulence and ...Staphylococcus aureus is a common cause of infections in humans. The emergence of virulent, antibiotic-resistant strains of S. aureus is a significant public health concern. Most virulence and resistance factors in S. aureus are encoded by mobile genetic elements, and transduction by bacteriophages represents the main mechanism for horizontal gene transfer. The baseplate is a specialized structure at the tip of bacteriophage tails that plays key roles in host recognition, cell wall penetration, and DNA ejection. We have used high-resolution cryo-electron microscopy to determine the structure of the S. aureus bacteriophage 80α baseplate at 3.75 Å resolution, allowing atomic models to be built for most of the major tail and baseplate proteins, including two tail fibers, the receptor binding protein, and part of the tape measure protein. Our structure provides a structural basis for understanding host recognition, cell wall penetration and DNA ejection in viruses infecting Gram-positive bacteria. Comparison to other phages demonstrates the modular design of baseplate proteins, and the adaptations to the host that take place during the evolution of staphylococci and other pathogens.
履歴
登録2019年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20872
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AC: Distal Tail Protein, gp58
AD: Distal Tail Protein, gp58
AE: Tail-Associated Lysin, gp59
CF: Tape Measure Protein, gp57
CC: Distal Tail Protein, gp58
CD: Distal Tail Protein, gp58
CE: Tail-Associated Lysin, gp59
BF: Tape Measure Protein, gp57
BC: Distal Tail Protein, gp58
BD: Distal Tail Protein, gp58
BE: Tail-Associated Lysin, gp59
AF: Tape Measure Protein, gp57
BJ: Fiber Lower, gp62
BK: Fiber Lower, gp62
BL: Fiber Lower, gp62
DJ: Fiber Lower, gp62
DK: Fiber Lower, gp62
DL: Fiber Lower, gp62
AJ: Fiber Lower, gp62
AK: Fiber Lower, gp62
AL: Fiber Lower, gp62
FJ: Fiber Lower, gp62
FK: Fiber Lower, gp62
FL: Fiber Lower, gp62
CJ: Fiber Lower, gp62
CK: Fiber Lower, gp62
CL: Fiber Lower, gp62
EJ: Fiber Lower, gp62
EK: Fiber Lower, gp62
EL: Fiber Lower, gp62
BN: Fiber Upper, gp68
BM: Fiber Upper, gp68
DN: Fiber Upper, gp68
DM: Fiber Upper, gp68
AN: Fiber Upper, gp68
AM: Fiber Upper, gp68
FN: Fiber Upper, gp68
FM: Fiber Upper, gp68
CN: Fiber Upper, gp68
CM: Fiber Upper, gp68
EN: Fiber Upper, gp68
EM: Fiber Upper, gp68
EB: Major Tail Protein, gp53
EA: Major Tail Protein, gp53
BB: Major Tail Protein, gp53
BA: Major Tail Protein, gp53
DB: Major Tail Protein, gp53
DA: Major Tail Protein, gp53
AB: Major Tail Protein, gp53
AA: Major Tail Protein, gp53
FB: Major Tail Protein, gp53
FA: Major Tail Protein, gp53
CB: Major Tail Protein, gp53
CA: Major Tail Protein, gp53
BH: Receptor Binding Protein, gp61
BG: Receptor Binding Protein, gp61
BI: Receptor Binding Protein, gp61
DH: Receptor Binding Protein, gp61
DG: Receptor Binding Protein, gp61
DI: Receptor Binding Protein, gp61
AH: Receptor Binding Protein, gp61
AG: Receptor Binding Protein, gp61
AI: Receptor Binding Protein, gp61
FH: Receptor Binding Protein, gp61
FG: Receptor Binding Protein, gp61
FI: Receptor Binding Protein, gp61
CH: Receptor Binding Protein, gp61
CG: Receptor Binding Protein, gp61
CI: Receptor Binding Protein, gp61
EH: Receptor Binding Protein, gp61
EG: Receptor Binding Protein, gp61
EI: Receptor Binding Protein, gp61
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,130,16078
ポリマ－4,129,82572
非ポリマー3356
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, Fully-formed baseplates observed via negative electron microscopy and cryo-electron microscopy attached to tails of ST247 strain 80alpha (no capsids) and wild-type 80alpha
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area476810 Å2
ΔGint-2338 kcal/mol
Surface area776630 Å2

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要素

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タンパク質 , 7種, 72分子 ACADCCCDBCBDAECEBECFBFAFBJBKBLDJDKDLAJAKALFJFKFLCJCKCLEJEKEL...

#1: タンパク質
Distal Tail Protein, gp58


分子量: 37105.004 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
株: ST247 / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: A4ZFC4
#2: タンパク質 Tail-Associated Lysin, gp59


分子量: 71114.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
株: ST247 / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: A4ZFC5
#3: タンパク質 Tape Measure Protein, gp57


分子量: 125891.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
株: ST247 / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: A4ZFC2
#4: タンパク質
Fiber Lower, gp62 / BppU_N domain-containing protein


分子量: 66872.477 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
株: ST247 / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: A4ZFC8
#5: タンパク質
Fiber Upper, gp68 / Tail fiber protein


分子量: 43866.266 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
株: ST247 / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: A4ZFD4
#6: タンパク質
Major Tail Protein, gp53


分子量: 21551.746 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
株: ST247 / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: A4ZFB9
#7: タンパク質
Receptor Binding Protein, gp61 / Minor structure protein


分子量: 73747.445 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
株: ST247 / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: A4ZFC7

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非ポリマー , 1種, 6分子

#8: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Staphylococcus phage 80alpha baseplate / タイプ: COMPLEX
詳細: 80alpha baseplate attached to fully formed tails with no capsids
Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 3.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス) / 株: ST247
由来(組換発現)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane1
250 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMmagnesium sulfateMgSO41
44 mMcalcium chlorideCaCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 80alpha tails (with baseplates) purified by centrifugation, polyethylene glycol precipitation, and CsCl density gradation
試料支持グリッドの材料: NICKEL / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均露光時間: 1.156 sec. / 電子線照射量: 104.33 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
撮影したグリッド数: 10 / 実像数: 6483
画像スキャン動画フレーム数/画像: 37 / 利用したフレーム数/画像: 1-37

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2粒子像選択
2Leginon画像取得
3Appion画像取得
5Gctf1.06_sm_30_cu8.0_x86_64CTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
10RELION2初期オイラー角割当
11RELION3.0-beta-2最終オイラー角割当
12RELION3.0-beta-2分類
13RELION3.0-beta-2３次元再構成
14PHENIXモデル精密化phenix.real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 515106
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43601 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: correlation coefficient
詳細: Initial models derived from I-TASSER predictions based on GenBank sequences of modeled proteins. Rigid body fitting in UCSF Chimera followed by manual extension in Coot.
原子モデル構築PDB-ID: 5EFV

5efv


Accession code: 5EFV / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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