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万見
- PDB-6ucv: Cryo-EM structure of the mitochondrial TOM complex from yeast (te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ucv
タイトルCryo-EM structure of the mitochondrial TOM complex from yeast (tetramer)
要素(Mitochondrial import receptor subunit ...) x 5
キーワードTRANSLOCASE / Membrane protein / mitochondrial protein import / mitochondrial outer membrane / protein translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / porin activity / protein insertion into mitochondrial outer membrane / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport ...mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / porin activity / protein insertion into mitochondrial outer membrane / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import receptor subunit Tom6 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom6, fungal / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase ...Mitochondrial import receptor subunit Tom6 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom6, fungal / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 / Mitochondrial import receptor subunit TOM22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit TOM5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Park, E. / Tucker, K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1752814 米国
The Vallee Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the mitochondrial protein-import channel TOM complex at near-atomic resolution.
著者: Kyle Tucker / Eunyong Park /
要旨: Nearly all mitochondrial proteins are encoded by the nuclear genome and imported into mitochondria after synthesis on cytosolic ribosomes. These precursor proteins are translocated into mitochondria ...Nearly all mitochondrial proteins are encoded by the nuclear genome and imported into mitochondria after synthesis on cytosolic ribosomes. These precursor proteins are translocated into mitochondria by the TOM complex, a protein-conducting channel in the mitochondrial outer membrane. We have determined high-resolution cryo-EM structures of the core TOM complex from Saccharomyces cerevisiae in dimeric and tetrameric forms. Dimeric TOM consists of two copies each of five proteins arranged in two-fold symmetry: pore-forming β-barrel protein Tom40 and four auxiliary α-helical transmembrane proteins. The pore of each Tom40 has an overall negatively charged inner surface attributed to multiple functionally important acidic patches. The tetrameric complex is essentially a dimer of dimeric TOM, which may be capable of forming higher-order oligomers. Our study reveals the detailed molecular organization of the TOM complex and provides new insights about the mechanism of protein translocation into mitochondria.
履歴
登録2019年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20729
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
B: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
C: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
D: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
E: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
I: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
J: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
K: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
L: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
M: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
a: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
b: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
c: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
d: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
e: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
i: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
j: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
k: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
l: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
m: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,47322
ポリマ－322,11820
非ポリマー1,3562
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Mitochondrial import receptor subunit ... , 5種, 20分子 AIaiBJbjCKckDLdlEMem

#1: タンパク質
Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / Mitochondrial import site protein ISP42 / Translocase of outer membrane 40 kDa subunit


分子量: 43227.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TOM40, ISP42, MOM38, YMR203W, YM8325.04
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23644
#2: タンパク質
Mitochondrial import receptor subunit TOM22 / Mitochondrial 17 kDa assembly protein / Mitochondrial 22 kDa outer membrane protein / Protein MAS17 ...Mitochondrial 17 kDa assembly protein / Mitochondrial 22 kDa outer membrane protein / Protein MAS17 / Translocase of outer membrane 22 kDa subunit


分子量: 18020.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
遺伝子: TOM22, MAS17, MAS22, MOM22, YNL131W, N1217, N1862
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49334
#3: タンパク質・ペプチド
Mitochondrial import receptor subunit TOM5 / Translocase of outer membrane 5 kDa subunit


分子量: 5993.924 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TOM5, MOM8A, YPR133W-A
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P80967
#4: タンパク質
Mitochondrial import receptor subunit TOM6 / Mitochondrial import site protein ISP6 / Translocase of outer membrane 6 kDa subunit


分子量: 6410.460 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TOM6, ISP6, YOR045W
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33448
#5: タンパク質
Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Translocase of outer membrane 7 kDa subunit


分子量: 6876.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TOM7, MOM7, YNL070W, N2378
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53507

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非ポリマー , 1種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 677.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H72NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tetrameric TOM complex from yeast / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 43.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp1.0.6粒子像選択
2SerialEM3.7画像取得
4RELION2CTF補正
11cryoSPARC2.8.0最終オイラー角割当
13cryoSPARC2.8.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104905 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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