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- PDB-6ted: Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ted
タイトルStructure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 3
  • (RNA polymerase II subunit ...) x 5
  • (RNA polymerase-associated protein ...) x 3
  • (Transcription elongation factor ...) x 3
  • (Uncharacterized ...) x 3
  • DNA (37-MER)
  • DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
  • Parafibromin
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*U)-3')
  • RNA polymerase II-associated factor 1 homolog
  • Template DNA
  • WD repeat-containing protein 61
キーワードTRANSCRIPTION / Polymerase / elongation complex / RNA / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


blastocyst growth / inner cell mass cell differentiation / Ski complex / positive regulation of mRNA 3'-end processing / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / regulation of isotype switching ...blastocyst growth / inner cell mass cell differentiation / Ski complex / positive regulation of mRNA 3'-end processing / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / regulation of isotype switching / regulation of muscle cell differentiation / endodermal cell fate commitment / regulation of mRNA export from nucleus / negative regulation of myeloid cell differentiation / blastocyst hatching / : / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / DSIF complex / trophectodermal cell differentiation / regulation of mRNA processing / : / nucleosome organization / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / blastocyst formation / mRNA 3'-end processing / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / stem cell population maintenance / organelle membrane / negative regulation of gene expression, epigenetic / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / interleukin-6-mediated signaling pathway / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase III activity / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription by RNA polymerase I / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of macroautophagy / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / protein localization to nucleus / positive regulation of Wnt signaling pathway / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / mRNA transport / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II, core complex / nucleosome binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of fibroblast proliferation / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events
類似検索 - 分子機能
Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / HHH domain 9 / HHH domain / Leo1-like protein / Leo1-like protein / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. ...Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / HHH domain 9 / HHH domain / Leo1-like protein / Leo1-like protein / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / : / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2 domain / YqgF/RNase H-like domain superfamily / Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Tetratricopeptide repeat / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Tetratricopeptide repeat / RNA-binding domain, S1 / RuvA domain 2-like / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA polymerase II subunit D / Uncharacterized protein / : / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA polymerase II subunit D / Uncharacterized protein / : / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription elongation factor SPT4 / Parafibromin / RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / Transcription elongation factor SPT6 / RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / RNA polymerase-associated protein LEO1 / RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog / Superkiller complex protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Vos, S.M. / Farnung, L. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
European Research Council693023 ドイツ
German Research FoundationSFB860 ドイツ
German Research FoundationSFB860 ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of complete Pol II-DSIF-PAF-SPT6 transcription complex reveals RTF1 allosteric activation.
著者: Seychelle M Vos / Lucas Farnung / Andreas Linden / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: Transcription by RNA polymerase II (Pol II) is carried out by an elongation complex. We previously reported an activated porcine Pol II elongation complex, EC*, encompassing the human elongation ...Transcription by RNA polymerase II (Pol II) is carried out by an elongation complex. We previously reported an activated porcine Pol II elongation complex, EC*, encompassing the human elongation factors DSIF, PAF1 complex (PAF) and SPT6. Here we report the cryo-EM structure of the complete EC* that contains RTF1, a dissociable PAF subunit critical for chromatin transcription. The RTF1 Plus3 domain associates with Pol II subunit RPB12 and the phosphorylated C-terminal region of DSIF subunit SPT5. RTF1 also forms four α-helices that extend from the Plus3 domain along the Pol II protrusion and RPB10 to the polymerase funnel. The C-terminal 'fastener' helix retains PAF and is followed by a 'latch' that reaches the end of the bridge helix, a flexible element of the Pol II active site. RTF1 strongly stimulates Pol II elongation, and this requires the latch, possibly suggesting that RTF1 activates transcription allosterically by influencing Pol II translocation.
履歴
登録2019年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10480
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10480
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10480
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: RNA polymerase II subunit C
D: RNA polymerase II subunit D
E: RNA polymerase II subunit E
F: RNA polymerase II subunit F
G: RNA polymerase II subunit G
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: Uncharacterized protein
K: Uncharacterized protein
L: Uncharacterized protein
M: Transcription elongation factor SPT6
N: DNA (37-MER)
P: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*U)-3')
Q: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog
R: RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog
T: Template DNA
U: RNA polymerase-associated protein LEO1
V: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog
W: WD repeat-containing protein 61
X: Parafibromin
Y: Transcription elongation factor SPT4
Z: Transcription elongation factor SPT5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,351,86834
ポリマ－1,351,25524
非ポリマー61310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area115260 Å2
ΔGint-689 kcal/mol
Surface area283750 Å2
手法PISA

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 219049.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480RVL6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 142426.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGP4, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899

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RNA polymerase II subunit ... , 5種, 5分子 CDEFG

#3: タンパク質 RNA polymerase II subunit C


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3
#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit D


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4
#5: タンパク質 RNA polymerase II subunit E


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7
#6: タンパク質 RNA polymerase II subunit F


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8
#7: タンパク質 RNA polymerase II subunit G


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LJZ9

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タンパク質 , 4種, 4分子 HVWX

#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCB2
#20: タンパク質 RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / hPAF1 / Pancreatic differentiation protein 2


分子量: 60052.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAF1, PD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N7H5
#21: タンパク質 WD repeat-containing protein 61 / Meiotic recombination REC14 protein homolog / SKI8 homolog / Ski8


分子量: 33617.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR61 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9GZS3
#22: タンパク質 Parafibromin / Cell division cycle protein 73 homolog / Hyperparathyroidism 2 protein


分子量: 60673.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC73, C1orf28, HRPT2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6P1J9

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Uncharacterized ... , 3種, 3分子 JKL

#10: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B432, UniProt: A0A4X1VYD0*PLUS
#11: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RKE4
#12: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51

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Transcription elongation factor ... , 3種, 3分子 MYZ

#13: タンパク質 Transcription elongation factor SPT6 / hSPT6 / Histone chaperone suppressor of Ty6 / Tat-cotransactivator 2 protein / Tat-CT2 protein


分子量: 199602.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT6H, KIAA0162, SPT6H / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7KZ85
#23: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4 / hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor ...hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor small subunit / DSIF small subunit


分子量: 13508.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT4H1, SPT4H, SUPT4H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63272
#24: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5 / hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing ...hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing factor large subunit / DSIF large subunit / Tat-cotransactivator 1 protein / Tat-CT1 protein


分子量: 121225.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00267

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DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 DNA (37-MER)


分子量: 14932.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#18: DNA鎖 Template DNA


分子量: 14672.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#15: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*U)-3')


分子量: 14843.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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RNA polymerase-associated protein ... , 3種, 3分子 QRU

#16: タンパク質 RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / SH2 domain-binding protein 1


分子量: 134510.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTR9, KIAA0155, SH2BP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6PD62
#17: タンパク質 RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog


分子量: 80733.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RTF1, KIAA0252 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92541
#19: タンパク質 RNA polymerase-associated protein LEO1 / Replicative senescence down-regulated leo1-like protein


分子量: 75514.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LEO1, RDL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8WVC0

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非ポリマー , 2種, 10分子

#25: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#26: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complete EC*COMPLEX#1-#240MULTIPLE SOURCES
2Pig DNA/RNA polymerase subunitsCOMPLEX#1-#121NATURAL
3Human transcription factors and associated proteinsCOMPLEX#13, #16-#17, #19-#221RECOMBINANT
4DNA/RNACOMPLEX#14-#15, #181RECOMBINANT
5Transcription elongation factor SPT4 and SPT5COMPLEX#23-#241RECOMBINANT
分子量値: 1.34 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Sus scrofa (ブタ)9823
23Homo sapiens (ヒト)9606
34synthetic construct (人工物)32630
45Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
24synthetic construct (人工物)32630
35Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMNaCl1
220 mMNa-HEPES1
31 mMDTT1
420 mMTRIS-HCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 2 microliters applied to both sides of grid. Sample incubated on grid for 10s prior to blotting. Blotting for 8.5s.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 13679
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp粒子像選択
2EPU画像取得
4WarpCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8NAMDモデルフィッティング
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 611983
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 446195 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 115 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
16GMH

6gmh

1
24L1U

4l1u

1
36AFO

6afo

1
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.02558407
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.34279040
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.94834045
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0838370
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00810156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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