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- PDB-6t61: A model of the EIAV CA-SP hexamer (C2) from Gag-deltaMA tubes ass... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t61
タイトルA model of the EIAV CA-SP hexamer (C2) from Gag-deltaMA tubes assembled at pH8
要素Gag polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Retrovirus / lentivirus / Equine infectious anemia virus / EIAV / Gag / capsid / IP6 / phytic acid / inositolhexakiphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / nucleic acid binding / structural constituent of virion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Gag protein p15 / Gag protein p15 / : / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger ...Gag protein p15 / Gag protein p15 / : / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Dick, R.A. / Xu, C. / Morado, D.R. / Kravchuk, V. / Ricana, C.L. / Lyddon, T.D. / Broad, A.M. / Feathers, J.R. / Johnson, M.C. / Vogt, V.M. ...Dick, R.A. / Xu, C. / Morado, D.R. / Kravchuk, V. / Ricana, C.L. / Lyddon, T.D. / Broad, A.M. / Feathers, J.R. / Johnson, M.C. / Vogt, V.M. / Perilla, J.R. / Briggs, J.A.G. / Schur, F.K.M.
資金援助 オーストリア, 米国, 英国, ドイツ, 10件
組織認可番号国
Austrian Science FundP31445 オーストリア
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI147890 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM107013 米国
National Science Foundation (United States)1659534 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30-GM110758 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50AI150481 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI142263 米国
European Research CouncilERC-2014-CoG 648432 - MEMBRANEFUSION 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
German Research FoundationBR 3635/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Structures of immature EIAV Gag lattices reveal a conserved role for IP6 in lentivirus assembly.
著者: Robert A Dick / Chaoyi Xu / Dustin R Morado / Vladyslav Kravchuk / Clifton L Ricana / Terri D Lyddon / Arianna M Broad / J Ryan Feathers / Marc C Johnson / Volker M Vogt / Juan R Perilla / ...著者: Robert A Dick / Chaoyi Xu / Dustin R Morado / Vladyslav Kravchuk / Clifton L Ricana / Terri D Lyddon / Arianna M Broad / J Ryan Feathers / Marc C Johnson / Volker M Vogt / Juan R Perilla / John A G Briggs / Florian K M Schur /
要旨: Retrovirus assembly is driven by the multidomain structural protein Gag. Interactions between the capsid domains (CA) of Gag result in Gag multimerization, leading to an immature virus particle that ...Retrovirus assembly is driven by the multidomain structural protein Gag. Interactions between the capsid domains (CA) of Gag result in Gag multimerization, leading to an immature virus particle that is formed by a protein lattice based on dimeric, trimeric, and hexameric protein contacts. Among retroviruses the inter- and intra-hexamer contacts differ, especially in the N-terminal sub-domain of CA (CANTD). For HIV-1 the cellular molecule inositol hexakisphosphate (IP6) interacts with and stabilizes the immature hexamer, and is required for production of infectious virus particles. We have used in vitro assembly, cryo-electron tomography and subtomogram averaging, atomistic molecular dynamics simulations and mutational analyses to study the HIV-related lentivirus equine infectious anemia virus (EIAV). In particular, we sought to understand the structural conservation of the immature lentivirus lattice and the role of IP6 in EIAV assembly. Similar to HIV-1, IP6 strongly promoted in vitro assembly of EIAV Gag proteins into virus-like particles (VLPs), which took three morphologically highly distinct forms: narrow tubes, wide tubes, and spheres. Structural characterization of these VLPs to sub-4Å resolution unexpectedly showed that all three morphologies are based on an immature lattice with preserved key structural components, highlighting the structural versatility of CA to form immature assemblies. A direct comparison between EIAV and HIV revealed that both lentiviruses maintain similar immature interfaces, which are established by both conserved and non-conserved residues. In both EIAV and HIV-1, IP6 regulates immature assembly via conserved lysine residues within the CACTD and SP. Lastly, we demonstrate that IP6 stimulates in vitro assembly of immature particles of several other retroviruses in the lentivirus genus, suggesting a conserved role for IP6 in lentiviral assembly.
履歴
登録2019年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics
Item: _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector / _em_imaging_optics.phase_plate / _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10381
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10381
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag polyprotein
B: Gag polyprotein
C: Gag polyprotein
F: Gag polyprotein
D: Gag polyprotein
H: Gag polyprotein
I: Gag polyprotein
E: Gag polyprotein
G: Gag polyprotein
J: Gag polyprotein
K: Gag polyprotein
L: Gag polyprotein
O: Gag polyprotein
M: Gag polyprotein
Q: Gag polyprotein
R: Gag polyprotein
N: Gag polyprotein
P: Gag polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)987,86818
ポリマ－987,86818
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area47200 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area200130 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Gag polyprotein


分子量: 54881.535 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P69730

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Equine infectious anemia virus / タイプ: VIRUS
詳細: Gag construct was expressed in E.coli and purified using the SUMO-tag system.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Equus caballus
ウイルス殻名称: Capsid / 直径: 700 nm
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-HCl1
2100 mMSodium chlorideNaCl1
32 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Virus-like-particles (tubular) of EIAV Gag deltaMA-deltap9 (referred to as Gag deltaMA) assembled at pH8.
試料支持詳細: 20 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 288 K / 詳細: 1-2 seconds blot time, offset -3mm

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Nanoprobe
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 3.4 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
詳細: Data was acquired using a dose-symmetric tilt acquisition scheme, as described in Hagen et al, 2017, J. Struct. Biol, 197(2):191-8
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3708 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1MATLABvolume selectionpartially based on the TOM toolbox
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
5CTFPHASEFLIPCTF補正
6NOVACTFCTF補正
9UCSF ChimeraモデルフィッティングChimera was used to perform a rigid body fitting of one monomer of 2EIA into the electron microscopy density
10CootモデルフィッティングThe last residues of CA and the first residues of SP (T347-L359) were manually built in Coot
13AV3最終オイラー角割当
14TOM Toolbox最終オイラー角割当
16AV3３次元再構成
17TOM Toolbox３次元再構成
18PHENIXモデル精密化
19Cootモデル精密化
画像処理詳細: Tilt series were low-pass filtered according to their cumulative dose using exposure filters that were calculated using an exposure-dependent amplitude attenuation function and critical ...詳細: Tilt series were low-pass filtered according to their cumulative dose using exposure filters that were calculated using an exposure-dependent amplitude attenuation function and critical exposure constants (as published in Grant & Grigorieff, Elife, 2015). Tilt series were aligned and reconstructed in IMOD.
CTF補正詳細: CTF-correction was initially performed using ctfphaseflip in IMOD and NovaCTF in the final steps
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 89860 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: Subvolumes were defined according to their position on the VLPs
詳細: Subtomogram extraction positions were defined in Amira using the electron microscopy toolbox by determing the radii and the spline of the VLPs. Initially, positions were oversampled and ...詳細: Subtomogram extraction positions were defined in Amira using the electron microscopy toolbox by determing the radii and the spline of the VLPs. Initially, positions were oversampled and subsequently cleaned during alignments using cross-correlation and distance thresholds.
Num. of tomograms: 20 / Num. of volumes extracted: 308367
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: Rigid body fitting was done in Chimera. Missing residues were built de novo in Coot. Refinement was performed iteratively in Phenix and Coot.
原子モデル構築PDB-ID: 2EIA

2eia

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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