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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t2u | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the RecBCD in complex with Chi-minus2 substrate | ||||||
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![]() | HYDROLASE / DNA repair / Homologous recombination / ATP hydrolysis / Helicase / Nuclease / translocation | ||||||
機能・相同性 | ![]() exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / DNA 5'-3' helicase / clearance of foreign intracellular DNA / DNA translocase activity / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / single-stranded DNA helicase activity / 3'-5' DNA helicase activity ...exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / DNA 5'-3' helicase / clearance of foreign intracellular DNA / DNA translocase activity / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / single-stranded DNA helicase activity / 3'-5' DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / isomerase activity / helicase activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / response to radiation / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
![]() | Cheng, K. / Wilkinson, M. / Wigley, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A conformational switch in response to Chi converts RecBCD from phage destruction to DNA repair. 著者: Kaiying Cheng / Martin Wilkinson / Yuriy Chaban / Dale B Wigley / ![]() 要旨: The RecBCD complex plays key roles in phage DNA degradation, CRISPR array acquisition (adaptation) and host DNA repair. The switch between these roles is regulated by a DNA sequence called Chi. We ...The RecBCD complex plays key roles in phage DNA degradation, CRISPR array acquisition (adaptation) and host DNA repair. The switch between these roles is regulated by a DNA sequence called Chi. We report cryo-EM structures of the Escherichia coli RecBCD complex bound to several different DNA forks containing a Chi sequence, including one in which Chi is recognized and others in which it is not. The Chi-recognized structure shows conformational changes in regions of the protein that contact Chi and reveals a tortuous path taken by the DNA. Sequence specificity arises from interactions with both the RecC subunit and the sequence itself. These structures provide molecular details for how Chi is recognized and insights into the changes that occur in response to Chi binding that switch RecBCD from bacteriophage destruction and CRISPR spacer acquisition to constructive host DNA repair. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 552.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 427.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 909.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 933.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 75.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 115.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 134123.688 Da / 分子数: 1 / 変異: D1080A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 128974.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 66990.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: DNA鎖 | 分子量: 25551.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: We generated a forked DNA substrate with single-stranded overhangs by annealing two synthesised oligonucleotides 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.355 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 1s blot before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 75.9 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4013 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 754150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 379790 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL 詳細: Rounds of manual structure editing in coot and real-space refinement with Phenix | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5LD2 Accession code: 5LD2 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 172.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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