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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6swd | ||||||
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タイトル | IC2 body model of cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex devoid of aIF1 in P. abyssi | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Translation initiation / cryo-EM / tRNA / evolution / archaea / rRNA modifications | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation initiation factor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome ...translation initiation factor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus abyssi (古細菌) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Coureux, P.-D. / Mechulam, Y. / Schmitt, E. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM study of an archaeal 30S initiation complex gives insights into evolution of translation initiation. 著者: Pierre-Damien Coureux / Christine Lazennec-Schurdevin / Sophie Bourcier / Yves Mechulam / Emmanuelle Schmitt / 要旨: Archaeal translation initiation occurs within a macromolecular complex containing the small ribosomal subunit (30S) bound to mRNA, initiation factors aIF1, aIF1A and the ternary complex aIF2:GDPNP: ...Archaeal translation initiation occurs within a macromolecular complex containing the small ribosomal subunit (30S) bound to mRNA, initiation factors aIF1, aIF1A and the ternary complex aIF2:GDPNP:Met-tRNA. Here, we determine the cryo-EM structure of a 30S:mRNA:aIF1A:aIF2:GTP:Met-tRNA complex from Pyrococcus abyssi at 3.2 Å resolution. It highlights archaeal features in ribosomal proteins and rRNA modifications. We find an aS21 protein, at the location of eS21 in eukaryotic ribosomes. Moreover, we identify an N-terminal extension of archaeal eL41 contacting the P site. We characterize 34 N-acetylcytidines distributed throughout 16S rRNA, likely contributing to hyperthermostability. Without aIF1, the 30S head is stabilized and initiator tRNA is tightly bound to the P site. A network of interactions involving tRNA, mRNA, rRNA modified nucleotides and C-terminal tails of uS9, uS13 and uS19 is observed. Universal features and domain-specific idiosyncrasies of translation initiation are discussed in light of ribosomal structures from representatives of each domain of life. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6swd.cif.gz | 942.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6swd.ent.gz | 728.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6swd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6swd_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6swd_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6swd_validation.xml.gz | 92.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6swd_validation.cif.gz | 154 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 25
#1: RNA鎖 | 分子量: 340430.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) |
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#18: RNA鎖 | 分子量: 6448.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) |
-30S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 ABDEFGIJMNQRVW0
#2: タンパク質 | 分子量: 22888.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: Q9V2K7 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 23026.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: Q9V191 |
#5: タンパク質 | 分子量: 21381.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: P61992 |
#6: タンパク質 | 分子量: 28246.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: Q9V1U8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 26523.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: Q9V1V5 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14029.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: Q9UYS3 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14772.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: Q9V1V0 |
#10: タンパク質 | 分子量: 14293.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: Q9UZL4 |
#11: タンパク質 | 分子量: 14772.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: P62010 |
#12: タンパク質 | 分子量: 16477.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: P61994 |
#13: タンパク質 | 分子量: 18697.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: Q9V2K9 |
#14: タンパク質 | 分子量: 13364.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: Q9V1U5 |
#15: タンパク質 | 分子量: 11798.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: Q9UY20 |
#16: タンパク質 | 分子量: 7186.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: Q9UXZ3 |
#17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4910.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U232*PLUS |
-タンパク質 , 2種, 2分子 C6
#4: タンパク質 | 分子量: 7163.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 参照: UniProt: G8ZFK7 |
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#19: タンパク質 | 分子量: 13078.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: eIF1A, aif1A, PYRAB05910, PAB2441 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V138 |
-非ポリマー , 3種, 56分子
#20: 化合物 | ChemComp-MG / #21: 化合物 | ChemComp-ZN / #22: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 1.05 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 6.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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