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万見
- PDB-6sjb: Cryo-EM structure of the RecBCD Chi recognised complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sjb
タイトルCryo-EM structure of the RecBCD Chi recognised complex
要素
  • DNA fork substrate
  • RecBCD enzyme subunit RecB
  • RecBCD enzyme subunit RecC
  • RecBCD enzyme subunit RecD
キーワードHYDROLASE / DNA repair / Homologous recombination / ATP hydrolysis / Helicase / Nuclease / translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / clearance of foreign intracellular DNA / DNA translocase activity / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity ...exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / clearance of foreign intracellular DNA / DNA translocase activity / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / DNA endonuclease activity / isomerase activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / response to radiation / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RecBCD complex, subunit RecD, N-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #990 / Recbcd, chain B, domain 2 / Recbcd, chain B, domain 2 / Rossmann fold - #10930 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / RecBCD enzyme subunit RecB ...RecBCD complex, subunit RecD, N-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #990 / Recbcd, chain B, domain 2 / Recbcd, chain B, domain 2 / Rossmann fold - #10930 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / RecBCD enzyme subunit RecB / RecBCD enzyme subunit RecD / RecBCD enzyme subunit RecC / RecC, C-terminal / RecBCD enzyme subunit RecD, N-terminal domain / : / Exodeoxyribonuclease V, gamma subunit / RecC C-terminal domain / RecBCD enzyme subunit RecD, N-terminal domain / Lambda Exonuclease; Chain A / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / DExx box DNA helicase domain superfamily / AAA domain / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / AAA domain / Restriction endonuclease type II-like / : / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RecBCD enzyme subunit RecB / RecBCD enzyme subunit RecD / RecBCD enzyme subunit RecD / RecBCD enzyme subunit RecC / RecBCD enzyme subunit RecB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Cheng, K. / Wilkinson, M. / Wigley, D.B.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: A conformational switch in response to Chi converts RecBCD from phage destruction to DNA repair.
著者: Kaiying Cheng / Martin Wilkinson / Yuriy Chaban / Dale B Wigley /
要旨: The RecBCD complex plays key roles in phage DNA degradation, CRISPR array acquisition (adaptation) and host DNA repair. The switch between these roles is regulated by a DNA sequence called Chi. We ...The RecBCD complex plays key roles in phage DNA degradation, CRISPR array acquisition (adaptation) and host DNA repair. The switch between these roles is regulated by a DNA sequence called Chi. We report cryo-EM structures of the Escherichia coli RecBCD complex bound to several different DNA forks containing a Chi sequence, including one in which Chi is recognized and others in which it is not. The Chi-recognized structure shows conformational changes in regions of the protein that contact Chi and reveals a tortuous path taken by the DNA. Sequence specificity arises from interactions with both the RecC subunit and the sequence itself. These structures provide molecular details for how Chi is recognized and insights into the changes that occur in response to Chi binding that switch RecBCD from bacteriophage destruction and CRISPR spacer acquisition to constructive host DNA repair.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10214
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RecBCD enzyme subunit RecB
C: RecBCD enzyme subunit RecC
D: RecBCD enzyme subunit RecD
X: DNA fork substrate


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,2484
ポリマ－356,2484
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area28430 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area128390 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 RecBCD enzyme subunit RecB / Exonuclease V subunit RecB / ExoV subunit RecB / Helicase/nuclease RecBCD subunit RecB


分子量: 134123.688 Da / 分子数: 1 / 変異: D1080A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: recB_1, recB, AUQ13_17740, BANRA_01341, BANRA_04284, BHS81_16925, BUE81_06765, BvCms2454_02089, BvCmsHHP001_01116, BvCmsHHP056_02020, BvCmsNSNP006_02180, BvCmsNSNP027_02943, BvCmsSINP011_ ...遺伝子: recB_1, recB, AUQ13_17740, BANRA_01341, BANRA_04284, BHS81_16925, BUE81_06765, BvCms2454_02089, BvCmsHHP001_01116, BvCmsHHP056_02020, BvCmsNSNP006_02180, BvCmsNSNP027_02943, BvCmsSINP011_00475, BvCmsSIP044_01651, C4J69_11455, C5N07_06355, D9I18_10890, DNQ41_19170, E5M00_06020, EAI44_21005, EAI52_16505, EC3234A_49c00050, ECTO6_01026, EFV07_08645, EPS71_15035, ERL57_14525, EXX32_11785, EXX39_20385, EXX71_16045, EYD11_05005, NCTC11022_02903, NCTC13462_04762, NCTC9117_01550, NCTC9706_03254, RG28_07470, SAMEA3472080_03114, SAMEA3752559_02953, SAMEA3753300_01149
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A024LB08, UniProt: P08394*PLUS, exodeoxyribonuclease V
#2: タンパク質 RecBCD enzyme subunit RecC / Exodeoxyribonuclease V 125 kDa polypeptide / Exodeoxyribonuclease V gamma chain / Exonuclease V ...Exodeoxyribonuclease V 125 kDa polypeptide / Exodeoxyribonuclease V gamma chain / Exonuclease V subunit RecC / ExoV subunit RecC


分子量: 128974.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: recC, b2822, JW2790 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07648, exodeoxyribonuclease V
#3: タンパク質 RecBCD enzyme subunit RecD / Exonuclease V subunit RecD / ExoV subunit RecD / Helicase/nuclease RecBCD subunit RecD


分子量: 66990.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: recD, recD_2, ACU57_24225, AM464_05810, AUQ13_17735, BHS81_16920, BUE81_06770, BvCms2454_02088, BvCmsHHP001_01117, BvCmsHHP056_02019, BvCmsKSP036_04400, BvCmsNSNP006_02181, BvCmsNSNP027_ ...遺伝子: recD, recD_2, ACU57_24225, AM464_05810, AUQ13_17735, BHS81_16920, BUE81_06770, BvCms2454_02088, BvCmsHHP001_01117, BvCmsHHP056_02019, BvCmsKSP036_04400, BvCmsNSNP006_02181, BvCmsNSNP027_02942, BvCmsSINP011_00476, BvCmsSINP012_00057, BvCmsSIP044_01650, BVL39_12765, C4J69_11460, C5N07_06350, C7B02_19600, CG692_06815, CRM83_26155, D3821_10935, D9G42_05835, D9H94_17780, D9I18_10885, D9K48_23640, DNQ41_19165, E4Z89_04655, EAI44_21010, EC3234A_49c00040, ECTO6_01027, EEP23_14080, EFB45_23490, EL75_0877, EL79_0879, EL80_0882, ERL57_14520, EXX24_12005, EXX32_11780, EXX71_16050, EYD11_05010, EYY78_03865, HW43_18500, NCTC11022_02902, NCTC13148_02729, NCTC8500_01037, NCTC9036_01094, NCTC9037_01202, NCTC9062_02173, NCTC9117_01551, NCTC9706_03255, RG28_07475, RK56_023370, SAMEA3472047_00298, SAMEA3472080_03115, SAMEA3484427_03257, SAMEA3484429_03374, SAMEA3752559_02954, SAMEA3753300_01148, SK85_03061
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A061K747, UniProt: P04993*PLUS, exodeoxyribonuclease V
#4: DNA鎖 DNA fork substrate


分子量: 26159.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: We created a splayed duplex substrate with unpaired single strand overhangs by annealing two chemically synthesised oligonucleotides.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RecBCD bound to a forked Chi-containing DNA substrateCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2RecBCDCOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3DNA substrateCOMPLEX#41RECOMBINANT
分子量値: 0.355 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
23synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTRIS-HCl1
250 mMNaCl1
30.5 mMTCEP1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 1s blot before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 47755 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3721
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-25

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.12モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1053451
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74496 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
詳細: Rounds of manual structure editing in coot and real-space refinement with Phenix
原子モデル構築PDB-ID: 5LD2

5ld2


Accession code: 5LD2 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00324774
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56433908
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.21114723
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0953729
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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