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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sh8 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Type III-B Cmr-beta bound to cognate target RNA and AMPPnP, state 2, in the presence of ssDNA | ||||||||||||
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![]() | ANTIVIRAL PROTEIN / CRISPR-Cas / Effector complex / nuclease / cyclic oligo-adenylate synthase | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å | ||||||||||||
![]() | Sofos, N. / Montoya, G. / Stella, S. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of the Cmr-β Complex Reveal the Regulation of the Immunity Mechanism of Type III-B CRISPR-Cas. 著者: Nicholas Sofos / Mingxia Feng / Stefano Stella / Tillmann Pape / Anders Fuglsang / Jinzhong Lin / Qihong Huang / Yingjun Li / Qunxin She / Guillermo Montoya / ![]() ![]() 要旨: Cmr-β is a type III-B CRISPR-Cas complex that, upon target RNA recognition, unleashes a multifaceted immune response against invading genetic elements, including single-stranded DNA (ssDNA) ...Cmr-β is a type III-B CRISPR-Cas complex that, upon target RNA recognition, unleashes a multifaceted immune response against invading genetic elements, including single-stranded DNA (ssDNA) cleavage, cyclic oligoadenylate synthesis, and also a unique UA-specific single-stranded RNA (ssRNA) hydrolysis by the Cmr2 subunit. Here, we present the structure-function relationship of Cmr-β, unveiling how binding of the target RNA regulates the Cmr2 activities. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) analysis revealed the unique subunit architecture of Cmr-β and captured the complex in different conformational stages of the immune response, including the non-cognate and cognate target-RNA-bound complexes. The binding of the target RNA induces a conformational change of Cmr2, which together with the complementation between the 5' tag in the CRISPR RNAs (crRNA) and the 3' antitag of the target RNA activate different configurations in a unique loop of the Cmr3 subunit, which acts as an allosteric sensor signaling the self- versus non-self-recognition. These findings highlight the diverse defense strategies of type III complexes. #1: ![]() タイトル: Structures of the Cmr-beta Complex Reveal the Regulation of the Immunity Mechanism of Type III-B CRISPR-Cas 著者: Sofos, N. / Feng, M. / Stella, S. / Pape, T. / Fuglsang, A. / Lin, J. / Huang, Q. / Li, Y. / She, Q. / Montoya, G. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-CRISPR-associated protein, ... , 3種, 5分子 ABCHK
#1: タンパク質 | 分子量: 17961.834 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F0NDX5 #3: タンパク質 | | 分子量: 36008.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F0NDX1 #6: タンパク質 | | 分子量: 120856.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F0NDX2 |
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-CRISPR-associated RAMP protein, ... , 2種, 5分子 DEFGI
#2: タンパク質 | 分子量: 32322.359 Da / 分子数: 4 / Mutation: D31A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SiRe_0602 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: F0NDX6 #4: タンパク質 | | 分子量: 33945.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: C-terminal histidine-tag for co-purification of the complex. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SiRe_0599 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: F0NDX3 |
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-タンパク質 , 2種, 27分子 JLMNOPQRSTWXlmnopqrstwxZzYy
#5: タンパク質 | 分子量: 55388.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: The N-terminal "MEEELL" sequence is not part of the annotated sequence (F0NDX4) due to an annotation mistake. 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F0NDX4 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 19705.607 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F0NDX7 |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 UV
#8: RNA鎖 | 分子量: 14704.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#9: RNA鎖 | 分子量: 16409.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pAC 発現宿主: ![]() ![]() 参照: GenBank: 323473489 |
-非ポリマー , 3種, 6分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
#10: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
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#11: 化合物 | #12: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.9 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 5 mA (Leica EM ACE200) / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3-4 s blotting before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1700 nm / Cs: 2.1 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 40 sec. / 電子線照射量: 41 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5298 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 429000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50409 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient |