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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sgu | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Escherichia coli AcrB and DARPin in Saposin A-nanodisc | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / RND transporter / efflux pump / drug transport / antibiotic resistance / lipid nanodisc | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K12 (大腸菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | ||||||
データ登録者 | Szewczak-Harris, A. / Du, D. / Newman, C. / Neuberger, A. / Luisi, B.F. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Interactions of a Bacterial RND Transporter with a Transmembrane Small Protein in a Lipid Environment. 著者: Dijun Du / Arthur Neuberger / Mona Wu Orr / Catherine E Newman / Pin-Chia Hsu / Firdaus Samsudin / Andrzej Szewczak-Harris / Leana M Ramos / Mekdes Debela / Syma Khalid / Gisela Storz / Ben F Luisi / 要旨: The small protein AcrZ in Escherichia coli interacts with the transmembrane portion of the multidrug efflux pump AcrB and increases resistance of the bacterium to a subset of the antibiotic ...The small protein AcrZ in Escherichia coli interacts with the transmembrane portion of the multidrug efflux pump AcrB and increases resistance of the bacterium to a subset of the antibiotic substrates of that transporter. It is not clear how the physical association of the two proteins selectively changes activity of the pump for defined substrates. Here, we report cryo-EM structures of AcrB and the AcrBZ complex in lipid environments, and comparisons suggest that conformational changes occur in the drug-binding pocket as a result of AcrZ binding. Simulations indicate that cardiolipin preferentially interacts with the AcrBZ complex, due to increased contact surface, and we observe that chloramphenicol sensitivity of bacteria lacking AcrZ is exacerbated when combined with cardiolipin deficiency. Taken together, the data suggest that AcrZ and lipid cooperate to allosterically modulate AcrB activity. This mode of regulation by a small protein and lipid may occur for other membrane proteins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sgu.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6sgu.ent.gz | 888.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6sgu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6sgu_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6sgu_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6sgu_validation.xml.gz | 98.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6sgu_validation.cif.gz | 148.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/6sgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/6sgu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 113665.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 参照: UniProt: P31224 #2: タンパク質 | 分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 20 sec. / 電子線照射量: 1.335 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2156 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 414786 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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