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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6scn | ||||||||||||||||||
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タイトル | 33mer structure of the Salmonella flagella MS-ring protein FliF | ||||||||||||||||||
要素 | Flagellar M-ring protein | ||||||||||||||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN / Flagella / Secretion / Rotor / MS-ring / C-ring | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, MS ring / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Johnson, S. / Fong, Y.H. / Deme, J.C. / Furlong, E.J. / Kuhlen, L. / Lea, S.M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020 タイトル: Symmetry mismatch in the MS-ring of the bacterial flagellar rotor explains the structural coordination of secretion and rotation. 著者: Steven Johnson / Yu Hang Fong / Justin C Deme / Emily J Furlong / Lucas Kuhlen / Susan M Lea / 要旨: The bacterial flagellum is a complex self-assembling nanomachine that confers motility to the cell. Despite great variation across species, all flagella are ultimately constructed from a helical ...The bacterial flagellum is a complex self-assembling nanomachine that confers motility to the cell. Despite great variation across species, all flagella are ultimately constructed from a helical propeller that is attached to a motor embedded in the inner membrane. The motor consists of a series of stator units surrounding a central rotor made up of two ring complexes, the MS-ring and the C-ring. Despite many studies, high-resolution structural information is still lacking for the MS-ring of the rotor, and proposed mismatches in stoichiometry between the two rings have long provided a source of confusion for the field. Here, we present structures of the Salmonella MS-ring, revealing a high level of variation in inter- and intrachain symmetry that provides a structural explanation for the ability of the MS-ring to function as a complex and elegant interface between the two main functions of the flagellum-protein secretion and rotation. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6scn.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6scn.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6scn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6scn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6scn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61295.645 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: C2253_19385, CET98_24800, D7F20_23315, D7H43_03010, DD95_23270, DJ388_21365, EKL42_10645 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6FLL5, UniProt: P15928*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homomeric 33mer of Salmonella enterica serovar Typhimurium FliF タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 2.02 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 175233 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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