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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s0k | |||||||||
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タイトル | Ribosome nascent chain in complex with SecA | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Ribosome nascent chain in complex with SecA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein import / stringent response / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / protein targeting / negative regulation of cytoplasmic translation ...protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein import / stringent response / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / protein targeting / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Jomaa, A. / Wang, S. / Shan, S. / Ban, N. | |||||||||
資金援助 | スイス, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: The molecular mechanism of cotranslational membrane protein recognition and targeting by SecA. 著者: Shuai Wang / Ahmad Jomaa / Mateusz Jaskolowski / Chien-I Yang / Nenad Ban / Shu-Ou Shan / 要旨: Cotranslational protein targeting is a conserved process for membrane protein biogenesis. In Escherichia coli, the essential ATPase SecA was found to cotranslationally target a subset of nascent ...Cotranslational protein targeting is a conserved process for membrane protein biogenesis. In Escherichia coli, the essential ATPase SecA was found to cotranslationally target a subset of nascent membrane proteins to the SecYEG translocase at the plasma membrane. The molecular mechanism of this pathway remains unclear. Here we use biochemical and cryoelectron microscopy analyses to show that the amino-terminal amphipathic helix of SecA and the ribosomal protein uL23 form a composite binding site for the transmembrane domain (TMD) on the nascent protein. This binding mode further enables recognition of charged residues flanking the nascent TMD and thus explains the specificity of SecA recognition. Finally, we show that membrane-embedded SecYEG promotes handover of the translating ribosome from SecA to the translocase via a concerted mechanism. Our work provides a molecular description of the SecA-mediated cotranslational targeting pathway and demonstrates an unprecedented role of the ribosome in shielding nascent TMDs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s0k.cif.gz | 2.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s0k.ent.gz | 1.7 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s0k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6s0k_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6s0k_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6s0k_validation.xml.gz | 139.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6s0k_validation.cif.gz | 250.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 2AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 894.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 934972.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1476653947 |
+50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdef
-タンパク質 , 2種, 2分子 hk
#34: タンパク質 | 分子量: 95155.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secA, azi, div / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A037YQ84 |
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#35: タンパク質 | 分子量: 5823.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rodZ, SAMEA3472055_00952 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 2種, 69分子
#36: 化合物 | ChemComp-MG / #37: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 2.6 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: prepared using in-vitro translation system | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37334 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5GAG Accession code: 5GAG / Source name: PDB / タイプ: experimental model |