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万見
- PDB-6rw8: Cryo-EM structure of Xenorhabdus nematophila XptA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rw8
タイトルCryo-EM structure of Xenorhabdus nematophila XptA1
要素A component of insecticidal toxin complex (Tc)
キーワードTOXIN / membrane permeation / translocation / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region / TcA receptor binding domain / TcA receptor binding domain / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
A component of insecticidal toxin complex (Tc) / A component of insecticidal toxin complex (Tc)
類似検索 - 構成要素
生物種Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Roderer, D. / Leidreiter, F. / Gatsogiannis, C. / Meusch, D. / Benz, R. / Raunser, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council615984 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Common architecture of Tc toxins from human and insect pathogenic bacteria.
著者: F Leidreiter / D Roderer / D Meusch / C Gatsogiannis / R Benz / S Raunser /
要旨: Tc toxins use a syringe-like mechanism to penetrate the membrane and translocate toxic enzymes into the host cytosol. They are composed of three components: TcA, TcB, and TcC. Low-resolution ...Tc toxins use a syringe-like mechanism to penetrate the membrane and translocate toxic enzymes into the host cytosol. They are composed of three components: TcA, TcB, and TcC. Low-resolution structures of TcAs from different bacteria suggest a considerable difference in their architecture and possibly in their mechanism of action. Here, we present high-resolution structures of five TcAs from insect and human pathogens, which show a similar overall composition and domain organization. Essential structural features, including a trefoil protein knot, are present in all TcAs, suggesting a common mechanism of action. All TcAs form functional pores and can be combined with TcB-TcC subunits from other species to form active chimeric holotoxins. We identified a conserved ionic pair that stabilizes the shell, likely operating as a strong latch that only springs open after destabilization of other regions. Our results provide new insights into the architecture and mechanism of the Tc toxin family.
履歴
登録2019年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A component of insecticidal toxin complex (Tc)
B: A component of insecticidal toxin complex (Tc)
C: A component of insecticidal toxin complex (Tc)
D: A component of insecticidal toxin complex (Tc)
E: A component of insecticidal toxin complex (Tc)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,435,6045
ポリマ－1,435,6045
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area123470 Å2
ΔGint-524 kcal/mol
Surface area459700 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
A component of insecticidal toxin complex (Tc)


分子量: 287120.781 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
遺伝子: xptA, XNC2_2467 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: A0A0R4FN93, UniProt: D3VHH9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: XptA1 pentamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
9SPHIRE初期オイラー角割当
10SPHIRE最終オイラー角割当
12SPHIRE３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 218992 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 1VW1

1vw1
PDB 未公開エントリ


Accession code: 1VW1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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