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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qxe | ||||||||||||
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タイトル | Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter and Nb8205 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / Influenza A / RNA polymerase / Influenza polymerase / Influenza dimer / RDRP | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.15 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Carrique, L. / Keown, J.R. / Fan, H. / Fodor, E. / Grimes, J.M. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Structures of influenza A virus RNA polymerase offer insight into viral genome replication. 著者: Haitian Fan / Alexander P Walker / Loïc Carrique / Jeremy R Keown / Itziar Serna Martin / Dimple Karia / Jane Sharps / Narin Hengrung / Els Pardon / Jan Steyaert / Jonathan M Grimes / Ervin Fodor / 要旨: Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented ...Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented negative-sense RNA genome, which is transcribed and replicated by the viral-RNA-dependent RNA polymerase (FluPol) composed of PB1, PB2 and PA subunits. Although the high-resolution crystal structure of FluPol of bat influenza A virus has previously been reported, there are no complete structures available for human and avian FluPol. Furthermore, the molecular mechanisms of genomic viral RNA (vRNA) replication-which proceeds through a complementary RNA (cRNA) replicative intermediate, and requires oligomerization of the polymerase-remain largely unknown. Here, using crystallography and cryo-electron microscopy, we determine the structures of FluPol from human influenza A/NT/60/1968 (H3N2) and avian influenza A/duck/Fujian/01/2002 (H5N1) viruses at a resolution of 3.0-4.3 Å, in the presence or absence of a cRNA or vRNA template. In solution, FluPol forms dimers of heterotrimers through the C-terminal domain of the PA subunit, the thumb subdomain of PB1 and the N1 subdomain of PB2. The cryo-electron microscopy structure of monomeric FluPol bound to the cRNA template reveals a binding site for the 3' cRNA at the dimer interface. We use a combination of cell-based and in vitro assays to show that the interface of the FluPol dimer is required for vRNA synthesis during replication of the viral genome. We also show that a nanobody (a single-domain antibody) that interferes with FluPol dimerization inhibits the synthesis of vRNA and, consequently, inhibits virus replication in infected cells. Our study provides high-resolution structures of medically relevant FluPol, as well as insights into the replication mechanisms of the viral RNA genome. In addition, our work identifies sites in FluPol that could be targeted in the development of antiviral drugs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qxe.cif.gz | 871.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qxe.ent.gz | 726.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qxe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qxe_validation.pdf.gz | 868.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qxe_full_validation.pdf.gz | 915.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6qxe_validation.xml.gz | 81 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qxe_validation.cif.gz | 122.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/6qxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/6qxe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4666MC 4660C 4661C 4663C 4664C 4986C 6qnwC 6qpfC 6qpgC 6qwlC 6qx3C 6qx8C 6rr7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14835.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) #2: タンパク質 | 分子量: 83100.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) 遺伝子: PA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P03434, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #3: タンパク質 | 分子量: 86524.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) 遺伝子: PB1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P03432, RNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | 分子量: 86163.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) 遺伝子: PB2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P03429 #5: RNA鎖 | 分子量: 4901.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.25 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Sample was purified in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl with Tween 20 added to a final concentration 0f 0.05% prior to plunging grids. | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: blot for 3.5 sec before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 1.25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2456 |
電子光学装置 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 24 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 406945 / 詳細: template picking in cryosparc v2.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27861 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 95 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: Rigid body fit only | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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