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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6q9d | ||||||
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タイトル | CI Peripheral Arm focused refinement from Ovine respiratory SC I+III2 | ||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT / complex I / peripheral arm / cellular respiration / mitochondria | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / apoptotic mitochondrial changes / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / : ...NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / apoptotic mitochondrial changes / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / : / ATP synthesis coupled electron transport / ATP metabolic process / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / circadian rhythm / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein-containing complex binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ovis aries (ヒツジ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Letts, J.A. / Sazanov, L.A. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019 タイトル: Structures of Respiratory Supercomplex I+III Reveal Functional and Conformational Crosstalk. 著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Gianluca Degliesposti / Mark Skehel / Leonid A Sazanov / 要旨: The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We ...The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We demonstrate that CoQ trapping in the isolated SC I+III limits complex (C)I turnover, arguing against channeling. The SC structure, resolved at up to 3.8 Å in four distinct states, suggests that CoQ oxidation may be rate limiting because of unequal access of CoQ to the active sites of CIII. CI shows a transition between "closed" and "open" conformations, accompanied by the striking rotation of a key transmembrane helix. Furthermore, the state of CI affects the conformational flexibility within CIII, demonstrating crosstalk between the enzymes. CoQ was identified at only three of the four binding sites in CIII, suggesting that interaction with CI disrupts CIII symmetry in a functionally relevant manner. Together, these observations indicate a more nuanced functional role for the SCs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6q9d.cif.gz | 646.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6q9d.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6q9d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6q9d_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6q9d_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6q9d_validation.xml.gz | 106.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6q9d_validation.cif.gz | 162.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/6q9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/6q9d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4480MC 4479C 4481C 4482C 4493C 4494C 4495C 4496C 4497C 4498C 4499C 4500C 4501C 4502C 4505C 4506C 4507C 6q9bC 6q9eC 6qa9C 6qbxC 6qc2C 6qc3C 6qc4C 6qc5C 6qc6C 6qc7C 6qc8C 6qc9C 6qcaC 6qcfC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 V1V2
#1: タンパク質 | 分子量: 48678.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac 参照: UniProt: W5PUX0, NADH dehydrogenase, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23840.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5NRY1 |
-NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit ... , 5種, 5分子 S1S2S3S7S8
#3: タンパク質 | 分子量: 77031.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5QB34 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 49193.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac |
#5: タンパク質 | 分子量: 26441.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PB27 |
#6: タンパク質 | 分子量: 20104.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac |
#7: タンパク質 | 分子量: 20219.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac |
-NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ... , 4種, 4分子 V3S4A9A6
#8: タンパク質 | 分子量: 8423.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac |
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#10: タンパク質 | 分子量: 15375.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PE07 |
#11: タンパク質 | 分子量: 38660.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PI58 |
#14: タンパク質 | 分子量: 14923.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5QC06 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 S6AA
#9: タンパク質 | 分子量: 10651.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac |
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#17: タンパク質 | 分子量: 10119.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5NQT7 |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 5種, 5分子 A2A5A7ALAM
#12: タンパク質 | 分子量: 10966.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5QAH8 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 13156.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PNX7 |
#15: タンパク質 | 分子量: 12399.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5P0I2 |
#16: タンパク質 | 分子量: 17115.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac / 参照: UniProt: B9VGZ9 |
#18: タンパク質 | 分子量: 16635.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: This is a focused refinement so only the N-terminal part of this subunit is present in the map. 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK). 組織: Cardiac |
-非ポリマー , 6種, 12分子
#19: 化合物 | ChemComp-SF4 / #20: 化合物 | ChemComp-FMN / | #21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-ZN / | #23: 化合物 | ChemComp-NDP / | #24: 化合物 | ChemComp-ZMP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ovine mitochondrial SC I+III2 / タイプ: COMPLEX 詳細: Complex I membrane arm focused refinement from ovine respiratory SC I+III2 Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.4 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 細胞内の位置: Mitochondrial inner membrane / 器官: Heart / Organelle: Mitochondria / 組織: Cardiac | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 250 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.7, 0.02% Brij-35 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: blotting for 30 seconds at 4 degrees Celsius, 95% humidity and flash freezing |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1854 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 34 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 400000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178121 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 90 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1LNK |