+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pz8 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MERS S0 trimer in complex with variable domain of antibody G2 | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MERS-CoV / coronavirus / DPP4 / receptor-binding / membrane fusion / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...: / endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.19 Å | |||||||||
データ登録者 | Bowman, C.A. / Pallesen, J. / Ward, A.B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019 タイトル: Structural Definition of a Neutralization-Sensitive Epitope on the MERS-CoV S1-NTD. 著者: Nianshuang Wang / Osnat Rosen / Lingshu Wang / Hannah L Turner / Laura J Stevens / Kizzmekia S Corbett / Charles A Bowman / Jesper Pallesen / Wei Shi / Yi Zhang / Kwanyee Leung / Robert N ...著者: Nianshuang Wang / Osnat Rosen / Lingshu Wang / Hannah L Turner / Laura J Stevens / Kizzmekia S Corbett / Charles A Bowman / Jesper Pallesen / Wei Shi / Yi Zhang / Kwanyee Leung / Robert N Kirchdoerfer / Michelle M Becker / Mark R Denison / James D Chappell / Andrew B Ward / Barney S Graham / Jason S McLellan / 要旨: Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) emerged into the human population in 2012 and has caused substantial morbidity and mortality. Potently neutralizing antibodies targeting the ...Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) emerged into the human population in 2012 and has caused substantial morbidity and mortality. Potently neutralizing antibodies targeting the receptor-binding domain (RBD) on MERS-CoV spike (S) protein have been characterized, but much less is known about antibodies targeting non-RBD epitopes. Here, we report the structural and functional characterization of G2, a neutralizing antibody targeting the MERS-CoV S1 N-terminal domain (S1-NTD). Structures of G2 alone and in complex with the MERS-CoV S1-NTD define a site of vulnerability comprising two loops, each of which contain a residue mutated in G2-escape variants. Cell-surface binding studies and in vitro competition experiments demonstrate that G2 strongly disrupts the attachment of MERS-CoV S to its receptor, dipeptidyl peptidase-4 (DPP4), with the inhibition requiring the native trimeric S conformation. These results advance our understanding of antibody-mediated neutralization of coronaviruses and should facilitate the development of immunotherapeutics and vaccines against MERS-CoV. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pz8.cif.gz | 723.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6pz8.ent.gz | 579.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pz8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pz8_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6pz8_full_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pz8_validation.xml.gz | 108.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pz8_validation.cif.gz | 164.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/6pz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/6pz8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 3種, 9分子 AEIBJFHCD
#1: タンパク質 | 分子量: 51301.617 Da / 分子数: 3 / 断片: S2 C-terminal domain (UNP residues 753-1223) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: W5ZZF5, UniProt: K9N5Q8*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 80409.109 Da / 分子数: 3 / 断片: S0 N-terminal domain (UNP residues 18-743) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: W6A090, UniProt: K9N5Q8*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 24275.059 Da / 分子数: 3 / 断片: variable domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
---|
-抗体 , 1種, 3分子 LGK
#4: 抗体 | 分子量: 23861.293 Da / 分子数: 3 / 断片: variable domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
---|
-糖 , 4種, 42分子
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | #7: 多糖 | #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 77 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 418781 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12386 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: Model was not refined. | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5W9I |