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万見
- EMDB-20527: MERS S0 trimer in complex with antibody G2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20527
タイトルMERS S0 trimer in complex with antibody G2
マップデータMERS S0 trimer in complex with variable domain of antibody G2
試料
  • 複合体: MERS S0 ectodomain trimer in complex with antibody G2
    • 複合体: MERS S0 ectodomain trimer
      • タンパク質・ペプチド: S protein
      • タンパク質・ペプチド: S protein
    • 複合体: antibody G2
      • タンパク質・ペプチド: G2 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: G2 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane => GO:0016020 / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...: / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane => GO:0016020 / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...: / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Spike glycoprotein / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.19 Å
データ登録者Bowman CA / Pallesen J / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127521 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Structural Definition of a Neutralization-Sensitive Epitope on the MERS-CoV S1-NTD.
著者: Nianshuang Wang / Osnat Rosen / Lingshu Wang / Hannah L Turner / Laura J Stevens / Kizzmekia S Corbett / Charles A Bowman / Jesper Pallesen / Wei Shi / Yi Zhang / Kwanyee Leung / Robert N ...著者: Nianshuang Wang / Osnat Rosen / Lingshu Wang / Hannah L Turner / Laura J Stevens / Kizzmekia S Corbett / Charles A Bowman / Jesper Pallesen / Wei Shi / Yi Zhang / Kwanyee Leung / Robert N Kirchdoerfer / Michelle M Becker / Mark R Denison / James D Chappell / Andrew B Ward / Barney S Graham / Jason S McLellan /
要旨: Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) emerged into the human population in 2012 and has caused substantial morbidity and mortality. Potently neutralizing antibodies targeting the ...Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) emerged into the human population in 2012 and has caused substantial morbidity and mortality. Potently neutralizing antibodies targeting the receptor-binding domain (RBD) on MERS-CoV spike (S) protein have been characterized, but much less is known about antibodies targeting non-RBD epitopes. Here, we report the structural and functional characterization of G2, a neutralizing antibody targeting the MERS-CoV S1 N-terminal domain (S1-NTD). Structures of G2 alone and in complex with the MERS-CoV S1-NTD define a site of vulnerability comprising two loops, each of which contain a residue mutated in G2-escape variants. Cell-surface binding studies and in vitro competition experiments demonstrate that G2 strongly disrupts the attachment of MERS-CoV S to its receptor, dipeptidyl peptidase-4 (DPP4), with the inhibition requiring the native trimeric S conformation. These results advance our understanding of antibody-mediated neutralization of coronaviruses and should facilitate the development of immunotherapeutics and vaccines against MERS-CoV.
履歴
登録2019年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2019年10月9日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.264
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.264
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6pz8
  • 表面レベル: 0.264
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6pz8
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20527.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20527.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MERS S0 trimer in complex with variable domain of antibody G2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.264 / ムービー #1: 0.264
最小 - 最大-0.82995546 - 1.4599104
平均 (標準偏差)0.00041269267 (±0.06330723)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 357.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z357.000357.000357.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.8301.4600.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20527_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map #1

ファイルemd_20527_half_map_1.map
注釈Half Map #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map #2

ファイルemd_20527_half_map_2.map
注釈Half Map #2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MERS S0 ectodomain trimer in complex with antibody G2

全体名称: MERS S0 ectodomain trimer in complex with antibody G2
要素
  • 複合体: MERS S0 ectodomain trimer in complex with antibody G2
    • 複合体: MERS S0 ectodomain trimer
      • タンパク質・ペプチド: S protein
      • タンパク質・ペプチド: S protein
    • 複合体: antibody G2
      • タンパク質・ペプチド: G2 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: G2 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: MERS S0 ectodomain trimer in complex with antibody G2

超分子名称: MERS S0 ectodomain trimer in complex with antibody G2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: MERS S0 ectodomain trimer

超分子名称: MERS S0 ectodomain trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: antibody G2

超分子名称: antibody G2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: S protein

分子名称: S protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 51.301617 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SVPGEMRLAS IAFNHPIQVD QLNSSYFKLS IPTNFSFGVT QEYIQTTIQK VTVDCKQYVC NGFQKCEQLL REYGQFCSKI NQALHGANL RQDDSVRNLF ASVKSSQSSP IIPGFGGDFN LTLLEPVSIS TGSRSARSAI EDLLFDKVTI ADPGYMQGYD D CMQQGPAS ...文字列:
SVPGEMRLAS IAFNHPIQVD QLNSSYFKLS IPTNFSFGVT QEYIQTTIQK VTVDCKQYVC NGFQKCEQLL REYGQFCSKI NQALHGANL RQDDSVRNLF ASVKSSQSSP IIPGFGGDFN LTLLEPVSIS TGSRSARSAI EDLLFDKVTI ADPGYMQGYD D CMQQGPAS ARDLICAQYV AGYKVLPPLM DVNMEAAYTS SLLGSIAGVG WTAGLSSFAA IPFAQSIFYR LNGVGITQQV LS ENQKLIA NKFNQALGAM QTGFTTTNEA FHKVQDAVNN NAQALSKLAS ELSNTFGAIS ASIGDIIQRL DVLEQDAQID RLI NGRLTT LNAFVAQQLV RSESAALSAQ LAKDKVNECV KAQSKRSGFC GQGTHIVSFV VNAPNGLYFM HVGYYPSNHI EVVS AYGLC DAANPTNCIA PVNGYFIKTN NTRIVDEWSY TGSSFYAPEP ITSLNTKYVA PQVTYQNIST NLPPPLL

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分子 #2: S protein

分子名称: S protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 80.409109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YVDVGPDSVK SACIEVDIQQ TFFDKTWPRP IDVSKADGII YPQGRTYSNI TITYQGLFPY QGDHGDMYVY SAGHATGTTP QKLFVANYS QDVKQFANGF VVRIGAAANS TGTVIISPST SATIRKIYPA FMLGSSVGNF SDGKMGRFFN HTLVLLPDGC G TLLRAFYC ...文字列:
YVDVGPDSVK SACIEVDIQQ TFFDKTWPRP IDVSKADGII YPQGRTYSNI TITYQGLFPY QGDHGDMYVY SAGHATGTTP QKLFVANYS QDVKQFANGF VVRIGAAANS TGTVIISPST SATIRKIYPA FMLGSSVGNF SDGKMGRFFN HTLVLLPDGC G TLLRAFYC ILEPRSGNHC PAGNSYTSFA TYHTPATDCS DGNYNRNASL NSFKEYFNLR NCTFMYTYNI TEDEILEWFG IT QTAQGVH LFSSRYVDLY GGNMFQFATL PVYDTIKYYS IIPHSIRSIQ SDRKAWAAFY VYKLQPLTFL LDFSVDGYIR RAI DCGFND LSQLHCSYES FDVESGVYSV SSFEAKPSGS VVEQAEGVEC DFSPLLSGTP PQVYNFKRLV FTNCNYNLTK LLSL FSVND FTCSQISPAA IASNCYSSLI LDYFSYPLSM KSDLSVSSAG PISQFNYKQS FSNPTCLILA TVPHNLTTIT KPLKY SYIN KCSRLLSDDR TEVPQLVNAN QYSPCVSIVP STVWEDGDYY RKQLSPLEGG GWLVASGSTV AMTEQLQMGF GITVQY GTD TNSVCPKLEF ANDTKIASQL GNCVEYSLYG VSGRGVFQNC TAVGVRQQRF VYDAYQNLVG YYSDDGNYYC LRACVSV PV SVIYDKETKT HATLFGSVAC EHISSTMSQY SRSTRSMLKR RDSTYGPLQT PVGCVLGLVN SSLFVEDCKL PLGQSLCA L PDTPS

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分子 #3: G2 heavy chain

分子名称: G2 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.275059 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQQSGGE LVKPGASVKL SCKTSGFTFS SSYISWLKQK PGQSLEWIAW IYAGTGGTEY NQKFTGKAQV TVDTSSSTAY MQFSSLTTE DSAIYYCARG GSSFAMDYWG QGTSVTVSSA STTPPSVYPL APGSAAQTNS MVTLGCLVKG YFPEPVTVTW N SGSLSSGV ...文字列:
QVQLQQSGGE LVKPGASVKL SCKTSGFTFS SSYISWLKQK PGQSLEWIAW IYAGTGGTEY NQKFTGKAQV TVDTSSSTAY MQFSSLTTE DSAIYYCARG GSSFAMDYWG QGTSVTVSSA STTPPSVYPL APGSAAQTNS MVTLGCLVKG YFPEPVTVTW N SGSLSSGV HTFPAVLQSD LYTLSSSVTV PSSTWPSETV TCNVAHPASS TKVDKKIVPR DCGKGLEVLF Q

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分子 #4: G2 light chain

分子名称: G2 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.861293 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QLVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD NYGISFMNWF QQKPGQPPKL LIHTASNQGS GVPARFSGSG SGTDFSLNIH PVEDDDTAM YFCQQSEEVP LTFGAGTKLE IKRTDAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT ...文字列:
QLVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD NYGISFMNWF QQKPGQPPKL LIHTASNQGS GVPARFSGSG SGTDFSLNIH PVEDDDTAM YFCQQSEEVP LTFGAGTKLE IKRTDAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT DQDSKDSTYS MSSTLTLTKD EYERHNSYTC EATHKTSTSP IVKSFNRNEC

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 77.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 418781
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab Initio Model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.5) / 使用した粒子像数: 12386
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5w9i

詳細Model was not refined.
得られたモデル

PDB-6pz8:
MERS S0 trimer in complex with variable domain of antibody G2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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