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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o8x | ||||||
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タイトル | Cryo-EM image reconstruction of the 70S Ribosome Enterococcus faecalis Class02 | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / 70S / pathogen / antibiotic development / antibiotic resistant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å | ||||||
データ登録者 | Jogl, G. / Khayat, R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020 タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 70S ribosome from Enterococcus faecalis. 著者: Eileen L Murphy / Kavindra V Singh / Bryant Avila / Torsten Kleffmann / Steven T Gregory / Barbara E Murray / Kurt L Krause / Reza Khayat / Gerwald Jogl / 要旨: Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ...Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ineffective. Here, we report the cryo-EM structure of the E. faecalis 70S ribosome to a global resolution of 2.8 Å. Structural differences are clustered in peripheral and solvent exposed regions when compared with Escherichia coli, whereas functional centres, including antibiotic binding sites, are similar to other bacterial ribosomes. Comparison of intersubunit conformations among five classes obtained after three-dimensional classification identifies several rotated states. Large ribosomal subunit protein bL31, which forms intersubunit bridges to the small ribosomal subunit, assumes different conformations in the five classes, revealing how contacts to the small subunit are maintained throughout intersubunit rotation. A tRNA observed in one of the five classes is positioned in a chimeric pe/E position in a rotated ribosomal state. The 70S ribosome structure of E. faecalis now extends our knowledge of bacterial ribosome structures and may serve as a basis for the development of novel antibiotic compounds effective against this pathogen. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o8x.cif.gz | 3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o8x.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6o8x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6o8x_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6o8x_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6o8x_validation.xml.gz | 179.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6o8x_validation.cif.gz | 332.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/6o8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/6o8x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0657MC 0656C 0658C 0659C 0660C 6o8wC 6o8yC 6o8zC 6o90C 6w6pC 6wu9C 6wuaC 6wubC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 aAB
#1: RNA鎖 | 分子量: 494725.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) |
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#20: RNA鎖 | 分子量: 941099.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) |
#21: RNA鎖 | 分子量: 37433.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) |
-30S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 cdefghijklmnopqrst
#2: タンパク質 | 分子量: 22884.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR8 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 23029.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XRV7 |
#4: タンパク質 | 分子量: 17156.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKW0 |
#5: タンパク質 | 分子量: 11331.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKB6 |
#6: タンパク質 | 分子量: 17547.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKQ3 |
#7: タンパク質 | 分子量: 14805.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS6 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14069.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSA2 |
#9: タンパク質 | 分子量: 11400.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR5 |
#10: タンパク質 | 分子量: 12322.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKV1 |
#11: タンパク質 | 分子量: 15178.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKQ7 |
#12: タンパク質 | 分子量: 12619.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT7 |
#13: タンパク質 | 分子量: 7041.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT0 |
#14: タンパク質 | 分子量: 10537.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XRW3 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10095.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XP69 |
#16: タンパク質 | 分子量: 9744.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS3 |
#17: タンパク質 | 分子量: 7646.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKB3 |
#18: タンパク質 | 分子量: 8999.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS0 |
#19: タンパク質 | 分子量: 8744.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XQJ7 |
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 CDEFGKLMNOPQRSTUVWXYZ0123456
-非ポリマー , 1種, 4分子
#50: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Enterococcus faecalis / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#49 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 2.5 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was monodisperse. |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K / 詳細: Vol = 4 uL, BT = 4 sec, BF = 0, DT = 0, WT = 8 sec |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32689 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 177 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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