+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ny1 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CasX-gRNA-DNA(30bp) State II | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / CasX / sgRNA / target DNA / CRISPR / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Transposase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
![]() | Liu, J.J. / Orlova, N. / Nogales, E. / Doudna, J.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: CasX enzymes comprise a distinct family of RNA-guided genome editors. 著者: Jun-Jie Liu / Natalia Orlova / Benjamin L Oakes / Enbo Ma / Hannah B Spinner / Katherine L M Baney / Jonathan Chuck / Dan Tan / Gavin J Knott / Lucas B Harrington / Basem Al-Shayeb / ...著者: Jun-Jie Liu / Natalia Orlova / Benjamin L Oakes / Enbo Ma / Hannah B Spinner / Katherine L M Baney / Jonathan Chuck / Dan Tan / Gavin J Knott / Lucas B Harrington / Basem Al-Shayeb / Alexander Wagner / Julian Brötzmann / Brett T Staahl / Kian L Taylor / John Desmarais / Eva Nogales / Jennifer A Doudna / ![]() ![]() 要旨: The RNA-guided CRISPR-associated (Cas) proteins Cas9 and Cas12a provide adaptive immunity against invading nucleic acids, and function as powerful tools for genome editing in a wide range of ...The RNA-guided CRISPR-associated (Cas) proteins Cas9 and Cas12a provide adaptive immunity against invading nucleic acids, and function as powerful tools for genome editing in a wide range of organisms. Here we reveal the underlying mechanisms of a third, fundamentally distinct RNA-guided genome-editing platform named CRISPR-CasX, which uses unique structures for programmable double-stranded DNA binding and cleavage. Biochemical and in vivo data demonstrate that CasX is active for Escherichia coli and human genome modification. Eight cryo-electron microscopy structures of CasX in different states of assembly with its guide RNA and double-stranded DNA substrates reveal an extensive RNA scaffold and a domain required for DNA unwinding. These data demonstrate how CasX activity arose through convergent evolution to establish an enzyme family that is functionally separate from both Cas9 and Cas12a. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 241.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 180.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 788.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 805.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8994MC ![]() 8980C ![]() 8987C ![]() 8988C ![]() 8989C ![]() 8990C ![]() 8991C ![]() 8996C ![]() 6ny2C ![]() 6ny3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 108092.836 Da / 分子数: 1 / 変異: D672A, E769A, D935A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: DD725_10130 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 9080.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 39272.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
#4: DNA鎖 | 分子量: 9219.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
配列の詳細 | The CasX construct has the following sequence: ...The CasX construct has the following sequence: SNAMEKRINK |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: CasX-gRNA-DNA(30bp) State II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 46 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105395 / 対称性のタイプ: POINT |