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- PDB-6nb9: Amyloid-Beta (20-34) with L-isoaspartate 23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nb9
タイトルAmyloid-Beta (20-34) with L-isoaspartate 23
要素Amyloid-beta A4 protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / protofilament / 2 sub 1 screw symmetry / post-translational modification / isoaspartate
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / signaling receptor activator activity / axon midline choice point recognition ...cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / signaling receptor activator activity / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / Lysosome Vesicle Biogenesis / ciliary rootlet / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / dendrite development / presynaptic active zone / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / transition metal ion binding / regulation of presynapse assembly / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of neuron differentiation / intracellular copper ion homeostasis / ECM proteoglycans / trans-Golgi network membrane / positive regulation of T cell migration / smooth endoplasmic reticulum / spindle midzone / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / clathrin-coated pit / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of chemokine production / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / forebrain development / Notch signaling pathway / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of calcium-mediated signaling / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of glycolytic process / cholesterol metabolic process / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / axonogenesis / adult locomotory behavior / platelet alpha granule lumen / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-1 beta production / dendritic shaft / learning / cognition / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / endosome lumen / locomotory behavior / astrocyte activation / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / synapse organization / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of tumor necrosis factor production / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell-cell junction / neuron projection development / Platelet degranulation / apical part of cell / synaptic vesicle
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / AB INITIO PHASING / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.05 Å
Model detailsProtofilament structure of Amyloid-beta 20-34 with the age-associated post-translational ...Protofilament structure of Amyloid-beta 20-34 with the age-associated post-translational modification of aspartate isomerization at position 23
データ登録者Sawaya, M.R. / Warmack, R.A. / Boyer, D.R. / Zee, C.T. / Richards, L.S. / Cascio, D. / Gonen, T. / Clarke, S.G. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)5T32GM008496 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1714569 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)GM-007185 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of amyloid-β (20-34) with Alzheimer's-associated isomerization at Asp23 reveals a distinct protofilament interface.
著者: Rebeccah A Warmack / David R Boyer / Chih-Te Zee / Logan S Richards / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Tamir Gonen / David S Eisenberg / Steven G Clarke /
要旨: Amyloid-β (Aβ) harbors numerous posttranslational modifications (PTMs) that may affect Alzheimer's disease (AD) pathogenesis. Here we present the 1.1 Å resolution MicroED structure of an Aβ 20- ...Amyloid-β (Aβ) harbors numerous posttranslational modifications (PTMs) that may affect Alzheimer's disease (AD) pathogenesis. Here we present the 1.1 Å resolution MicroED structure of an Aβ 20-34 fibril with and without the disease-associated PTM, L-isoaspartate, at position 23 (L-isoAsp23). Both wild-type and L-isoAsp23 protofilaments adopt β-helix-like folds with tightly packed cores, resembling the cores of full-length fibrillar Aβ structures, and both self-associate through two distinct interfaces. One of these is a unique Aβ interface strengthened by the isoaspartyl modification. Powder diffraction patterns suggest a similar structure may be adopted by protofilaments of an analogous segment containing the heritable Iowa mutation, Asp23Asn. Consistent with its early onset phenotype in patients, Asp23Asn accelerates aggregation of Aβ 20-34, as does the L-isoAsp23 modification. These structures suggest that the enhanced amyloidogenicity of the modified Aβ segments may also reduce the concentration required to achieve nucleation and therefore help spur the pathogenesis of AD.
履歴
登録2018年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年9月7日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / em_diffraction_shell / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_diffraction_shell.em_diffraction_stats_id / _em_diffraction_shell.id / _refine_hist.pdbx_refine_id

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構造の表示

ムービー
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid-beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4921
ポリマ－1,4921
非ポリマー00
水724
1
A: Amyloid-beta A4 protein
x 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,91710
ポリマ－14,91710
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_535x,y-2,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_575x,y+2,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation2_535-x,y-3/2,-z1
crystal symmetry operation2_565-x,y+3/2,-z1
crystal symmetry operation2_575-x,y+5/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.200, 4.870, 32.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Amyloid-beta A4 protein / ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta ...ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta precursor protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 1491.666 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 20-34 / 変異: L-isoaspartate 23 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: human / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: crystal of amyloid-beta residues 20-34 with L-isoaspartate at position 23
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 6.21 kDa/nm / 実験値: NO
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分名称: water
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample is a crystal.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 100 K
結晶マシュー密度: 1.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 18.76 %
結晶化温度: 310 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.05M Tris-HCl, 0.15M NaCl, 1% DMSO

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データ収集

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 100 K
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 0.01 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / Num. of diffraction images: 159 / 撮影したグリッド数: 2
画像スキャン横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 1050 mm
EM回折 シェル解像度: 1→1.05 Å / フーリエ空間範囲: 41.2 % / 多重度: 3.09 / 構造因子数: 315 / 位相残差: 0.1 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 82.7 % / 再高解像度: 1.05 Å / 測定した強度の数: 16529 / 構造因子数: 3946 / 位相誤差: 28.4 ° / 位相残差: 0.1 ° / 位相誤差の除外基準: 0.1 / Rmerge: 0.197 / Rsym: 0.197
回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: ELECTRON MICROSCOPE / タイプ: TALOS ARCTICA / 波長: 0.0251 Å
検出器タイプ: CETA 16M / 検出器: CMOS CAMERA / 日付: 2018年4月13日
放射波長波長: 0.0251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→5.955 Å / Num. obs: 3946 / % possible obs: 82.7 % / 冗長度: 4.189 % / Biso Wilson estimate: 9.691 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.224 / Χ2: 0.888 / Net I/σ(I): 3.76 / Num. measured all: 16529 / Scaling rejects: 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.05-1.13.0920.4941.49745943150.7790.58953
1.1-1.153.9690.6031.6917945114520.6610.6988.5
1.15-1.25.1630.5092.2120244433920.6610.5788.5
1.2-1.34.2960.4132.4324366455670.8320.47187.9
1.3-1.43.8440.3472.816304694240.8760.40390.4
1.4-1.54.30.333.3814323763330.8510.37888.6
1.5-24.4620.2195.4137129438320.9520.24688.2
2-34.1180.1597.3218535294500.9750.18285.1
3-53.8010.1297.666502011710.980.14585.1
5-5.9552.20.0765.922258100.9890.10517.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
SHELXDE位相決定
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
6Coot0.8.9.1モデルフィッティング
13PHENIX1.14-3260モデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 101.897 ° / ∠γ: 90 ° / A: 29.2 Å / B: 4.87 Å / C: 32.44 Å / 空間群名: P21 / 空間群番号: 4
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 10.135 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: maximum liklihood
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.05→5.955 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 394 9.99 %Random
Rwork0.1976 ---
obs0.2022 3943 83.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 34.45 Å2 / Biso mean: 10.1351 Å2 / Biso min: 3.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.05→5.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数105 0 0 4 109
Biso mean---27.22 -
残基数----15
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.0501-1.2010.32571160.26971051116775
1.201-1.5090.24821340.23731206134089
1.509-5.95460.22331440.16761292143686

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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