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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mat | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the essential ribosome assembly AAA-ATPase Rix7 | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / AAA-ATPase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
データ登録者 | Lo, Y.H. / Sobhany, M. / Hsu, A.L. / Ford, B.L. / Krahn, J.M. / Borgnia, M.J. / Stanley, R.E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of the essential ribosome assembly AAA-ATPase Rix7. 著者: Yu-Hua Lo / Mack Sobhany / Allen L Hsu / Brittany L Ford / Juno M Krahn / Mario J Borgnia / Robin E Stanley / 要旨: Rix7 is an essential type II AAA-ATPase required for the formation of the large ribosomal subunit. Rix7 has been proposed to utilize the power of ATP hydrolysis to drive the removal of assembly ...Rix7 is an essential type II AAA-ATPase required for the formation of the large ribosomal subunit. Rix7 has been proposed to utilize the power of ATP hydrolysis to drive the removal of assembly factors from pre-60S particles, but the mechanism of release is unknown. Rix7's mammalian homolog, NVL2 has been linked to cancer and mental illness disorders, highlighting the need to understand the molecular mechanisms of this essential machine. Here we report the cryo-EM reconstruction of the tandem AAA domains of Rix7 which form an asymmetric stacked homohexameric ring. We trapped Rix7 with a polypeptide in the central channel, revealing Rix7's role as a molecular unfoldase. The structure establishes that type II AAA-ATPases lacking the aromatic-hydrophobic motif within the first AAA domain can engage a substrate throughout the entire central channel. The structure also reveals that Rix7 contains unique post-α7 insertions within both AAA domains important for Rix7 function. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mat.cif.gz | 659.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mat.ent.gz | 537.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mat.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6mat_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6mat_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6mat_validation.xml.gz | 93.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6mat_validation.cif.gz | 141.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6mat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6mat | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89418.266 Da / 分子数: 6 / 変異: E303Q/E602Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0002840 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZG1 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-ATP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AAA-ATPase Rix7 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64386 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: 5C18 was used for reference restraints in refinement | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5FTK Accession code: 5FTK / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 4.5 Å |