+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lrr | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of RuBisCO-Raf1 from Anabaena sp. PCC 7120 | ||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||
![]() | CHAPERONE/LYASE / RuBisCO / Chaperone / Raf1 / CHAPERONE-LYASE complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carboxysome / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / carbon fixation / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / photosynthesis / monooxygenase activity / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Xia, L.Y. / Jiang, Y.L. / Kong, W.W. / Chen, Y. / Zhou, C.Z. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for the assembly of RuBisCO assisted by the chaperone Raf1. 著者: Ling-Yun Xia / Yong-Liang Jiang / Wen-Wen Kong / Hui Sun / Wei-Fang Li / Yuxing Chen / Cong-Zhao Zhou / ![]() 要旨: The folding and assembly of RuBisCO, the most abundant enzyme in nature, needs a series of chaperones, including the RuBisCO accumulation factor Raf1, which is highly conserved in cyanobacteria and ...The folding and assembly of RuBisCO, the most abundant enzyme in nature, needs a series of chaperones, including the RuBisCO accumulation factor Raf1, which is highly conserved in cyanobacteria and plants. Here, we report the crystal structures of Raf1 from cyanobacteria Anabaena sp. PCC 7120 and its complex with RuBisCO large subunit RbcL. Structural analyses and biochemical assays reveal that each Raf1 dimer captures an RbcL dimer, with the C-terminal tail inserting into the catalytic pocket, and further mediates the assembly of RbcL dimers to form the octameric core of RuBisCO. Furthermore, the cryo-electron microscopy structures of the RbcL-Raf1-RbcS assembly intermediates enable us to see a dynamic assembly process from RbcLRaf1 to the holoenzyme RbcLRbcS. In vitro assays also indicate that Raf1 can attenuate and reverse CcmM-mediated cyanobacterial RuBisCO condensation. Combined with previous findings, we propose a putative model for the assembly of cyanobacterial RuBisCO coordinated by the chaperone Raf1. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 931.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 791.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 140.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 217.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18391.881 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: all5250 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8YLP6 #2: タンパク質 | 分子量: 12840.725 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: cbbS, rbcS, alr1526 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P06514, ribulose-bisphosphate carboxylase #3: タンパク質 | 分子量: 53112.125 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: cbbL, rbc, rbcA, rbcL, alr1524 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P00879, ribulose-bisphosphate carboxylase |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of RuBisCO with the chaperone Raf1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.9 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149382 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6KKM |