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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l7e | ||||||
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タイトル | Toxin Complex TcdA1-TcdB1-TccC2 | ||||||
要素 | TcdA1 | ||||||
キーワード | TOXIN / Toxin complex / pre-pore status / TcdA1 / TcdB1 / TccC2 / PROTEIN TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Photorhabdus luminescens (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Yan, Z.F. / Yang, G.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Toxin Complex TcdA1-TcdB1-TccC2 著者: Yan, Z.F. / Zhang, N. / Yang, G.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l7e.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l7e.ent.gz | 1.7 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l7e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6l7e_validation.pdf.gz | 777.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6l7e_full_validation.pdf.gz | 836.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6l7e_validation.xml.gz | 259.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6l7e_validation.cif.gz | 416 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 283229.406 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア) 遺伝子: tcdA, tcdA1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q9RN43 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Toxin Complex TcdA1-TcdB1-TccC2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/HE |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124828 / 対称性のタイプ: POINT |