+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k43 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Holo-bacterioferritin-form-I from Streptomyces coelicolor | ||||||
![]() | Bacterioferritin | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / Ferritin / Nanocage / Bacterioferritin | ||||||
機能・相同性 | ![]() ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Jobichen, C. / Sivaraman, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Apo-bacterioferritin from Streptomyces coelicolor. 著者: Jobichen, C. / Sivaraman, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 686.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 580.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19242.629 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() Variant (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' / 参照: UniProt: Q9S2N0, ferroxidase #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Bacterioferritin in complex with HEME with Fe3 mineral core タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.5 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() 株: 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: This sample was monodisperse with 24mer nanocage assemblies. |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: O (正8面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19485 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5XX9 Accession code: 5XX9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|