PDB-6jo5: Structure of the green algal photosystem I supercomplex with ligh...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 6jo5

タイトル

Structure of the green algal photosystem I supercomplex with light-harvesting complex I

要素

(Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 9
(Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
(Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
Photosystem I iron-sulfur center

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / photosystem membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / chlorophyll binding ...
類似検索 - 分子機能

Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant ...Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Alpha-Beta Plaits - #20 / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / : / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Suga, M. / Miyazaki, N. / Takahashi, Y.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Structure of the green algal photosystem I supercomplex with a decameric light-harvesting complex I.
著者: Michihiro Suga / Shin-Ichiro Ozawa / Kaori Yoshida-Motomura / Fusamichi Akita / Naoyuki Miyazaki / Yuichiro Takahashi /

要旨: In plants and green algae, the core of photosystem I (PSI) is surrounded by a peripheral antenna system consisting of light-harvesting complex I (LHCI). Here we report the cryo-electron ...

履歴

登録	2019年3月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	9853MC 9854C 9855C 9856C 6jo6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ijo-d 9853 9670 9856 6igz-d 9680 9854 3cw2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
電子顕微鏡画像生データ	EMPIAR-10314 (タイトル: Structure of the green algal photosystem I supercomplex with a decameric light-harvesting complex I. Data size: 8.0 TB Data #1: Raw multiframe micrographs [micrographs - multiframe])

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (52)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (41)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (41)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (9)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (5)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (2)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

C: Photosystem I iron-sulfur center

D: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

E: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic

F: Photosystem I reaction center subunit F, Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

G: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

I: Photosystem I reaction center subunit VIII

J: Photosystem I reaction center subunit IX

K: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

L: Photosystem I reaction center subunit XI

1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

7: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

8: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

Z: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

9: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

ヘテロ分子

765 kDa, 21 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: cross-linking

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA 分子量: 83239.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: psaA, ps1a1 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P12154, photosystem I
#2: タンパク質	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB 分子量: 84947.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: psaB, ps1a2 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P09144, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFGIJKL

#4: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I peripheral protein D / Photosystem I 20 kDa subunit / PSI-D 分子量: 17732.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: psaD 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q39615
#5: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I peripheral protein E / PSI-E / P30 protein / Photosystem I 8.1 kDa protein 分子量: 8135.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: PSAE 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P12352
#6: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit F, Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Light-harvesting complex I 17 kDa protein / P21 protein / PSI-F 分子量: 17957.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: PSAF 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P12356
#7: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit G / Light-harvesting complex I 10 kDa protein / P35 protein / PSI-G 分子量: 9828.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: PSAG 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P14224
#8: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit I 分子量: 10586.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: PSAI 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8IFG7
#9: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit J / PSI-J 分子量: 4750.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: psaJ 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P59777
#10: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit K / Light-harvesting complex I 8.4 kDa protein / P37 protein ...Photosystem I reaction center subunit K / Light-harvesting complex I 8.4 kDa protein / P37 protein / PSI-K / Photosystem I subunit X 分子量: 8431.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: PSAK 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P14225
#11: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit L 分子量: 16120.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: PSAL, CHLRE_12g486300v5, CHLREDRAFT_205935 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8IL32

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 9種, 10分子 1Z37845629

#12: タンパク質	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 1 分子量: 20368.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: cabI-1 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q7DM26, UniProt: Q05093*PLUS
#13: タンパク質	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 3 分子量: 29435.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: LHCA3, CHLREDRAFT_153678 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8JF10
#14: タンパク質	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 7 分子量: 23446.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: Lhca, CHLRE_16g687900v5 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q84Y02
#15: タンパク質	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 8 分子量: 23293.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: LhcI-4, LHCA8, CHLRE_06g272650v5, CHLREDRAFT_187025 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q75VY7
#16: タンパク質	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 4 分子量: 25906.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: LhcI-1, CHLRE_10g452050v5 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q75VZ0
#17: タンパク質	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 5 分子量: 25264.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: LhcI-3, LHCA5, CHLRE_10g425900v5, CHLREDRAFT_186299 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q75VY8
#18: タンパク質	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 6 分子量: 25183.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: LhcI-5, LHCA6, CHLRE_06g278213v5, CHLREDRAFT_192961 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q75VY6
#19: タンパク質	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 2 分子量: 24333.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: LHCA2, CHLRE_12g508750v5, CHLREDRAFT_144609 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8IKC8
#20: タンパク質	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 9 分子量: 20374.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q8S567, UniProt: A8ITV3*PLUS

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

#27: 糖	ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₁H₉₆O₁₅
#3: タンパク質	Photosystem I iron-sulfur center / PsaC 分子量: 8869.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: psaC 発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q00914, photosystem I

-
非ポリマー , 9種, 312分子

#21: 化合物	ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER 分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅
#22: 化合物	... ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A 分子量: 893.489 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅
#23: 化合物	ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₆O₂
#24: 化合物	ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル分子量: 722.970 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物	... ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン分子量: 536.873 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆
#26: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#28: 化合物	ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE 分子量: 787.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₈₆O₁₀
#29: 化合物	ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B 分子量: 907.472 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₀MgN₄O₆
#30: 化合物	... ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN 分子量: 568.871 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆O₂

-
詳細

Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Photosystem I - Light Harvesting Complex I supercomplex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
由来(組換発現)	生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア	名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 338867 / 対称性のタイプ: POINT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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