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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ify | ||||||
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タイトル | Type III-A Csm complex, Cryo-EM structure of Csm-CTR1 | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / Csm complex / Type III-A / CRISPR-Cas system | ||||||
機能・相同性 | ![]() exonuclease activity / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
![]() | You, L. / Ma, J. / Wang, J. / Zhang, X. / Wang, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure Studies of the CRISPR-Csm Complex Reveal Mechanism of Co-transcriptional Interference. 著者: Lilan You / Jun Ma / Jiuyu Wang / Daria Artamonova / Min Wang / Liang Liu / Hua Xiang / Konstantin Severinov / Xinzheng Zhang / Yanli Wang / ![]() ![]() 要旨: Csm, a type III-A CRISPR-Cas interference complex, is a CRISPR RNA (crRNA)-guided RNase that also possesses target RNA-dependent DNase and cyclic oligoadenylate (cOA) synthetase activities. However, ...Csm, a type III-A CRISPR-Cas interference complex, is a CRISPR RNA (crRNA)-guided RNase that also possesses target RNA-dependent DNase and cyclic oligoadenylate (cOA) synthetase activities. However, the structural features allowing target RNA-binding-dependent activation of DNA cleavage and cOA generation remain unknown. Here, we report the structure of Csm in complex with crRNA together with structures of cognate or non-cognate target RNA bound Csm complexes. We show that depending on complementarity with the 5' tag of crRNA, the 3' anti-tag region of target RNA binds at two distinct sites of the Csm complex. Importantly, the interaction between the non-complementary anti-tag region of cognate target RNA and Csm1 induces a conformational change at the Csm1 subunit that allosterically activates DNA cleavage and cOA generation. Together, our structural studies provide crucial insights into the mechanistic processes required for crRNA-meditated sequence-specific RNA cleavage, RNA target-dependent non-specific DNA cleavage, and cOA generation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 431.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 343.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 66.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 101.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9658MC ![]() 9653C ![]() 9654C ![]() 9655C ![]() 9656C ![]() 9657C ![]() 9659C ![]() 9660C ![]() 6ifkC ![]() 6iflC ![]() 6ifnC ![]() 6ifrC ![]() 6ifuC ![]() 6ifzC ![]() 6ig0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Type III-A CRISPR-associated protein ... , 2種, 3分子 ADC
#1: タンパク質 | 分子量: 86976.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14848.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: csm2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-Type III-A CRISPR-associated RAMP protein ... , 3種, 5分子 GFEBH
#3: タンパク質 | 分子量: 24584.855 Da / 分子数: 3 / Mutation: D33N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: csm3 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 33828.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: csm4 / 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 41102.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: csm5 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-RNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#6: RNA鎖 | 分子量: 11392.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
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#7: RNA鎖 | 分子量: 13701.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
#8: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 60 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3247: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46360 / 対称性のタイプ: POINT |