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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hv8 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat mutant | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Polymerase epsilon / DNA replication / enzyme / DNA polymerase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / Termination of translesion DNA synthesis ...DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear replication fork / Dual incision in TC-NER / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / replication fork / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Goswami, P. / Purkiss, A. / Cheung, A. / Costa, A. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structure of DNA-CMG-Pol epsilon elucidates the roles of the non-catalytic polymerase modules in the eukaryotic replisome. 著者: Panchali Goswami / Ferdos Abid Ali / Max E Douglas / Julia Locke / Andrew Purkiss / Agnieszka Janska / Patrik Eickhoff / Anne Early / Andrea Nans / Alan M C Cheung / John F X Diffley / Alessandro Costa / 要旨: Eukaryotic origin firing depends on assembly of the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. A key step is the recruitment of GINS that requires the leading-strand polymerase Pol epsilon, composed of Pol2, ...Eukaryotic origin firing depends on assembly of the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. A key step is the recruitment of GINS that requires the leading-strand polymerase Pol epsilon, composed of Pol2, Dpb2, Dpb3, Dpb4. While a truncation of the catalytic N-terminal Pol2 supports cell division, Dpb2 and C-terminal Pol2 (C-Pol2) are essential for viability. Dpb2 and C-Pol2 are non-catalytic modules, shown or predicted to be related to an exonuclease and DNA polymerase, respectively. Here, we present the cryo-EM structure of the isolated C-Pol2/Dpb2 heterodimer, revealing that C-Pol2 contains a DNA polymerase fold. We also present the structure of CMG/C-Pol2/Dpb2 on a DNA fork, and find that polymerase binding changes both the helicase structure and fork-junction engagement. Inter-subunit contacts that keep the helicase-polymerase complex together explain several cellular phenotypes. At least some of these contacts are preserved during Pol epsilon-dependent CMG assembly on path to origin firing, as observed with DNA replication reconstituted in vitro. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hv8.cif.gz | 225.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hv8.ent.gz | 176.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hv8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6hv8_validation.pdf.gz | 737.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6hv8_full_validation.pdf.gz | 753.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6hv8_validation.xml.gz | 37.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6hv8_validation.cif.gz | 56.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/6hv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/6hv8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78408.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: DPB2, YPR175W, P9705.7 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24482, DNA-directed DNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 104984.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: POL2, DUN2, YNL262W, N0825 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21951, DNA-directed DNA polymerase |
#3: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat (C-Pol2+C-Dpb2) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
画像処理 | 詳細: Volta phase plate |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161376 / 対称性のタイプ: POINT |