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万見
- PDB-6hv9: S. cerevisiae CMG-Pol epsilon-DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hv9
タイトルS. cerevisiae CMG-Pol epsilon-DNA
要素
  • (DNA polymerase epsilon ...) x 2
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 4
  • (DNA replication licensing factor ...) x 6
  • Cell division control protein 45
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Helicase / Polymerase / DNA Replication / AAA+ protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / Unwinding of DNA / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex ...: / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / Unwinding of DNA / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / SUMO binding / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / DNA replication proofreading / Termination of translesion DNA synthesis / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / MCM complex / replication fork protection complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / single-stranded DNA helicase activity / mitotic DNA replication initiation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' DNA helicase activity / mitotic sister chromatid cohesion / DNA strand elongation involved in DNA replication / leading strand elongation / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / Dual incision in TC-NER / DNA replication initiation / error-prone translesion synthesis / subtelomeric heterochromatin formation / base-excision repair, gap-filling / replication fork / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / heterochromatin formation / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA-directed DNA polymerase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / hydrolase activity / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon, subunit B / : / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / : ...DNA polymerase epsilon, subunit B / : / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / : / PSF3 N-terminal domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / : / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / MCM3 winged helix domain / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / MCM4, winged helix domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A ...PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA polymerase epsilon subunit B / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Cell division control protein 45 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.98 Å
データ登録者Abid Ali, F. / Purkiss, A.G. / Cheung, A. / Costa, A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of DNA-CMG-Pol epsilon elucidates the roles of the non-catalytic polymerase modules in the eukaryotic replisome.
著者: Panchali Goswami / Ferdos Abid Ali / Max E Douglas / Julia Locke / Andrew Purkiss / Agnieszka Janska / Patrik Eickhoff / Anne Early / Andrea Nans / Alan M C Cheung / John F X Diffley / Alessandro Costa /
要旨: Eukaryotic origin firing depends on assembly of the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. A key step is the recruitment of GINS that requires the leading-strand polymerase Pol epsilon, composed of Pol2, ...Eukaryotic origin firing depends on assembly of the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. A key step is the recruitment of GINS that requires the leading-strand polymerase Pol epsilon, composed of Pol2, Dpb2, Dpb3, Dpb4. While a truncation of the catalytic N-terminal Pol2 supports cell division, Dpb2 and C-terminal Pol2 (C-Pol2) are essential for viability. Dpb2 and C-Pol2 are non-catalytic modules, shown or predicted to be related to an exonuclease and DNA polymerase, respectively. Here, we present the cryo-EM structure of the isolated C-Pol2/Dpb2 heterodimer, revealing that C-Pol2 contains a DNA polymerase fold. We also present the structure of CMG/C-Pol2/Dpb2 on a DNA fork, and find that polymerase binding changes both the helicase structure and fork-junction engagement. Inter-subunit contacts that keep the helicase-polymerase complex together explain several cellular phenotypes. At least some of these contacts are preserved during Pol epsilon-dependent CMG assembly on path to origin firing, as observed with DNA replication reconstituted in vitro.
履歴
登録2018年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年7月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.type / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0288
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
3: DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor MCM4
5: DNA replication licensing factor MCM5
6: DNA replication licensing factor MCM6
2: DNA replication licensing factor MCM2
7: DNA replication licensing factor MCM7
C: DNA replication complex GINS protein PSF1
D: DNA replication complex GINS protein PSF2
E: DNA replication complex GINS protein PSF3
F: DNA replication complex GINS protein SLD5
G: Cell division control protein 45
X: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*A)-3')
Y: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
J: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
B: DNA polymerase epsilon subunit B
A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)985,52620
ポリマ－984,34916
非ポリマー1,1774
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area65430 Å2
ΔGint-330 kcal/mol
Surface area338900 Å2
手法PISA

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要素

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DNA replication licensing factor ... , 6種, 6分子 345627

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM3 / Minichromosome maintenance protein 3


分子量: 107653.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24279, DNA helicase
#2: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / Cell division control protein 54


分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30665, DNA helicase
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM5


分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS4112, PACBIOSEQ_LOCUS4129, PACBIOSEQ_LOCUS4153, PACBIOSEQ_LOCUS4202, SCNYR20_0004029000, SCP684_0004028600
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5PUY8, UniProt: P29496*PLUS, DNA helicase
#4: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6 / Minichromosome maintenance protein 6


分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM6, YGL201C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53091, DNA helicase
#5: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2


分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS187, PACBIOSEQ_LOCUS193, PACBIOSEQ_LOCUS195, PACBIOSEQ_LOCUS196, SCNYR20_0007007400, SCP684_0007007100
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q1S9, UniProt: P29469*PLUS, DNA helicase
#6: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7 / Cell division control protein 47 / Minichromosome maintenance protein 7


分子量: 95049.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM7, CDC47, YBR202W, YBR1441 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38132, DNA helicase

-
DNA replication complex GINS protein ... , 4種, 4分子 CDEF

#7: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF1


分子量: 24230.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS944, PACBIOSEQ_LOCUS956, PACBIOSEQ_LOCUS958, SCNYR20_0001022500, SCP684_0001022000
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q203, UniProt: Q12488*PLUS
#8: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF2


分子量: 25096.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3163, PACBIOSEQ_LOCUS3191, PACBIOSEQ_LOCUS3224, PACBIOSEQ_LOCUS3231, PACBIOSEQ_LOCUS3255, SCNYR20_0009012300, SCP684_0009011800
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PX40, UniProt: P40359*PLUS
#9: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF3


分子量: 21977.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PSF3, GI527_G0005213 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4BWH3, UniProt: Q12146*PLUS
#10: タンパク質 DNA replication complex GINS protein SLD5


分子量: 33983.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SLD5, YDR489W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03406

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タンパク質 , 1種, 1分子 G

#11: タンパク質 Cell division control protein 45


分子量: 74324.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC45, SLD4, YLR103C, L8004.11 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08032

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DNA鎖 , 3種, 3分子 XYJ

#12: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*A)-3')


分子量: 6415.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#13: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 6473.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#14: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 2084.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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DNA polymerase epsilon ... , 2種, 2分子 BA

#15: タンパク質 DNA polymerase epsilon subunit B / DNA polymerase II subunit 2


分子量: 78408.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24482
#16: タンパク質 DNA polymerase epsilon catalytic subunit


分子量: 104984.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL2, GI527_G0004851 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A8H4BWE7, UniProt: P21951*PLUS, DNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 2種, 4分子

#17: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#18: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1CMG-Pol epsilon-DNACOMPLEX#1-#160RECOMBINANT
2CMG-Pol epsilonCOMPLEX#1-#11, #161RECOMBINANT
3Nucleic acidCOMPLEX#12-#151RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
33Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 4.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
IDバージョンカテゴリ
12RELION-2.1分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78556 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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