[日本語] English
万見
- PDB-6hms: Cryo-EM map of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hms
タイトルCryo-EM map of DNA polymerase D from Pyrococcus abyssi in complex with DNA
要素
  • (DNA polymerase II ...) x 2
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*TP*C)-3')
キーワードREPLICATION / DNA / polymerase D / Pyrococcus
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease I / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / intein-mediated protein splicing / DNA catabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II small subunit, archaeal / DNA polymerase delta/II small subunit family / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. ...DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II small subunit, archaeal / DNA polymerase delta/II small subunit family / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase II small subunit / DNA polymerase II large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Raia, P. / Carroni, M. / Sauguet, L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR -17-CE11-0005 フランス
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2019
タイトル: Structure of the DP1-DP2 PolD complex bound with DNA and its implications for the evolutionary history of DNA and RNA polymerases.
著者: Pierre Raia / Marta Carroni / Etienne Henry / Gérard Pehau-Arnaudet / Sébastien Brûlé / Pierre Béguin / Ghislaine Henneke / Erik Lindahl / Marc Delarue / Ludovic Sauguet /
要旨: PolD is an archaeal replicative DNA polymerase (DNAP) made of a proofreading exonuclease subunit (DP1) and a larger polymerase catalytic subunit (DP2). Recently, we reported the individual crystal ...PolD is an archaeal replicative DNA polymerase (DNAP) made of a proofreading exonuclease subunit (DP1) and a larger polymerase catalytic subunit (DP2). Recently, we reported the individual crystal structures of the DP1 and DP2 catalytic cores, thereby revealing that PolD is an atypical DNAP that has all functional properties of a replicative DNAP but with the catalytic core of an RNA polymerase (RNAP). We now report the DNA-bound cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the heterodimeric DP1-DP2 PolD complex from Pyrococcus abyssi, revealing a unique DNA-binding site. Comparison of PolD and RNAPs extends their structural similarities and brings to light the minimal catalytic core shared by all cellular transcriptases. Finally, elucidating the structure of the PolD DP1-DP2 interface, which is conserved in all eukaryotic replicative DNAPs, clarifies their evolutionary relationships with PolD and sheds light on the domain acquisition and exchange mechanism that occurred during the evolution of the eukaryotic replisome.
履歴
登録2018年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0244
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase II small subunit
B: DNA polymerase II large subunit,DNA polymerase II large subunit
P: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*C)-3')
T: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,3029
ポリマ－198,9844
非ポリマー3175
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
DNA polymerase II ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase II small subunit / Pol II / Exodeoxyribonuclease small subunit / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 45078.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: polB, PYRAB01210, PAB2266 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9V2F3, DNA-directed DNA polymerase, exodeoxyribonuclease I
#2: タンパク質 DNA polymerase II large subunit,DNA polymerase II large subunit / Pol II / Exodeoxyribonuclease large subunit / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 144418.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: polC, PYRAB01200, PAB2404 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9V2F4, DNA-directed DNA polymerase, exodeoxyribonuclease I

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*C)-3')


分子量: 4635.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus abyssi (古細菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*TP*C)-3')


分子量: 4851.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus abyssi (古細菌)

-
非ポリマー , 2種, 5分子

#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex between DNA polymerase D and DNA duplexCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2DNA polymerase DCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3DNACOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Pyrococcus abyssi (古細菌)29292
33Pyrococcus abyssi (古細菌)29292
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: cryoSPARC / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8774 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 7.1 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00812947
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.37417637
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.9647746
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0731940
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.012164

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る