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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hec | ||||||
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タイトル | PAN-proteasome in state 4 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / PAN / Proteasome / AAA-ATPase / Archaea | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome-activating nucleotidase complex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / protein unfolding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...proteasome-activating nucleotidase complex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / protein unfolding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.95 Å | ||||||
データ登録者 | Majumder, P. / Rudack, T. / Beck, F. / Baumeister, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structures of the archaeal PAN-proteasome reveal an around-the-ring ATPase cycle. 著者: Parijat Majumder / Till Rudack / Florian Beck / Radostin Danev / Günter Pfeifer / István Nagy / Wolfgang Baumeister / 要旨: Proteasomes occur in all three domains of life, and are the principal molecular machines for the regulated degradation of intracellular proteins. They play key roles in the maintenance of protein ...Proteasomes occur in all three domains of life, and are the principal molecular machines for the regulated degradation of intracellular proteins. They play key roles in the maintenance of protein homeostasis, and control vital cellular processes. While the eukaryotic 26S proteasome is extensively characterized, its putative evolutionary precursor, the archaeal proteasome, remains poorly understood. The primordial archaeal proteasome consists of a 20S proteolytic core particle (CP), and an AAA-ATPase module. This minimal complex degrades protein unassisted by non-ATPase subunits that are present in a 26S proteasome regulatory particle (RP). Using cryo-EM single-particle analysis, we determined structures of the archaeal CP in complex with the AAA-ATPase PAN (proteasome-activating nucleotidase). Five conformational states were identified, elucidating the functional cycle of PAN, and its interaction with the CP. Coexisting nucleotide states, and correlated intersubunit signaling features, coordinate rotation of the PAN-ATPase staircase, and allosterically regulate N-domain motions and CP gate opening. These findings reveal the structural basis for a sequential around-the-ring ATPase cycle, which is likely conserved in AAA-ATPases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hec.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hec.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hec.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6hec_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6hec_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6hec_validation.xml.gz | 234.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6hec_validation.cif.gz | 348.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/6hec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/6hec | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0215MC 0209C 0210C 0211C 0212C 0213C 0214C 0216C 6he4C 6he5C 6he7C 6he8C 6he9C 6heaC 6hedC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Proteasome subunit ... , 2種, 28分子 AaBbCcDdEeFfGg1h2i3j4k5l6m7n
#1: タンパク質 | 分子量: 27156.160 Da / 分子数: 14 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (古細菌) 遺伝子: psmA, AF_0490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O29760, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 22132.283 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (古細菌) 遺伝子: psmB, AF_0481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P996, proteasome endopeptidase complex |
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-タンパク質 , 1種, 6分子 HIKLMJ
#3: タンパク質 | 分子量: 44102.977 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (古細菌) 遺伝子: pan, AF_1976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28303 |
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-非ポリマー , 3種, 10分子
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 1.25 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.1 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36385 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |