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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hcm | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the rabbit collided di-ribosome (stalled monosome) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Translation / Quality Control | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / G1 to G0 transition ...regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / ubiquitin ligase inhibitor activity / ribosomal small subunit binding / TOR signaling / 90S preribosome / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / ribosomal subunit export from nucleus / cellular response to actinomycin D / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / translational termination / cytosolic ribosome / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / maturation of LSU-rRNA / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / positive regulation of translation / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / cellular response to gamma radiation / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / spindle / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / protein tag activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / ribosomal small subunit biogenesis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / glucose homeostasis / retina development in camera-type eye / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cell body / T cell differentiation in thymus / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / defense response to Gram-negative bacterium / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / killing of cells of another organism / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / cell differentiation / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / iron ion binding / translation / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / cell division / DNA repair / mRNA binding / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / synapse / positive regulation of gene expression 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Juszkiewicz, S. / Chandrasekaran, V. / Lin, Z. / Kraatz, S. / Ramakrishnan, V. / Hegde, R.S. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2018 タイトル: ZNF598 Is a Quality Control Sensor of Collided Ribosomes. 著者: Szymon Juszkiewicz / Viswanathan Chandrasekaran / Zhewang Lin / Sebastian Kraatz / V Ramakrishnan / Ramanujan S Hegde / 要旨: Aberrantly slow translation elicits quality control pathways initiated by the ubiquitin ligase ZNF598. How ZNF598 discriminates physiologic from pathologic translation complexes and ubiquitinates ...Aberrantly slow translation elicits quality control pathways initiated by the ubiquitin ligase ZNF598. How ZNF598 discriminates physiologic from pathologic translation complexes and ubiquitinates stalled ribosomes selectively is unclear. Here, we find that the minimal unit engaged by ZNF598 is the collided di-ribosome, a molecular species that arises when a trailing ribosome encounters a slower leading ribosome. The collided di-ribosome structure reveals an extensive 40S-40S interface in which the ubiquitination targets of ZNF598 reside. The paucity of 60S interactions allows for different ribosome rotation states, explaining why ZNF598 recognition is indifferent to how the leading ribosome has stalled. The use of ribosome collisions as a proxy for stalling allows the degree of tolerable slowdown to be tuned by the initiation rate on that mRNA; hence, the threshold for triggering quality control is substrate specific. These findings illustrate how higher-order ribosome architecture can be exploited by cellular factors to monitor translation status. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 6hcm.cif.gz | 4.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hcm.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6hcm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6hcm_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6hcm_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6hcm_validation.xml.gz | 407 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6hcm_validation.cif.gz | 684.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hcm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 A152728223w3
#1: RNA鎖 | 分子量: 602778.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
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#37: RNA鎖 | 分子量: 1177577.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#38: RNA鎖 | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#39: RNA鎖 | 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#80: RNA鎖 | 分子量: 24436.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#81: RNA鎖 | 分子量: 7387.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
+タンパク質 , 54種, 54分子 B1D1E1F1J1L1O1P1Q1S1T1U1V1W1Y1Z1a1b1e1h1j1k1B3C3F3H3L3O3P3Q3...
-40S ribosomal protein ... , 6種, 6分子 C1H1I1N1c1f1
#3: タンパク質 | 分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55 |
#9: タンパク質 | 分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0 |
#14: タンパク質 | 分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8 |
#29: タンパク質 | 分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76 |
#32: タンパク質 | 分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2 |
-Ribosomal protein ... , 15種, 15分子 G1K1M1R1X1d1g1A3M3N3V3Y3j3t3J3
#7: タンパク質 | 分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8 |
#13: タンパク質 | 分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4 |
#18: タンパク質 | 分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4 |
#24: タンパク質 | 分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89 |
#30: タンパク質 | 分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4 |
#33: タンパク質 | 分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22 |
#40: タンパク質 | 分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27 |
#47: タンパク質 | 分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12 |
#48: タンパク質 | 分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1 |
#56: タンパク質 | 分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1 |
#59: タンパク質 | 分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0 |
#70: タンパク質 | 分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5 |
#79: タンパク質 | 分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7 |
#82: タンパク質 | 分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8 |
-60S ribosomal protein ... , 4種, 4分子 E3i3D3I3
#43: タンパク質 | 分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7 |
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#69: タンパク質 | 分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5 |
#84: タンパク質 | 分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6 |
#85: タンパク質 | 分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2 |
-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 n31
#74: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
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#86: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1581.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
-非ポリマー , 4種, 314分子
#88: 化合物 | ChemComp-MG / #89: 化合物 | ChemComp-ZN / #90: 化合物 | #91: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rabbit 80S stalled on globin mRNA at the stop codon / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#87 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 4.3 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.79 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14634 / 対称性のタイプ: POINT |